دليل استكشاف الأخطاء وإصلاحها

مقالة
04/27/2022
قراءة خلال 5 دقائق

فيما يلي بعض تلميحات استكشاف الأخطاء وإصلاحها لبعض المشكلات الشائعة التي قد تواجهها عند استخدام خدمة Microsoft Genomics، MSGEN.

للاطلاع على الأسئلة المتداولة، التي لا تتعلق باستكشاف الأخطاء وإصلاحها، راجع الأسئلة الشائعة.

الخطوة 1: تحديد موقع رموز الخطأ المقترنة بسير العمل

يمكنك تحديد موقع رسائل الخطأ المقترنة بسير العمل من خلال:

استخدام سطر الأوامر والكتابة في msgen status
فحص محتويات standardoutput.txt.

1. استخدام سطر الأوامر `msgen status`

msgen status -u URL -k KEY -w ID

هناك ثلاث حجج مطلوبة:

عنوان URL - عنوان URI الأساسي لواجهة برمجة التطبيقات
KEY - مفتاح الوصول لحساب الجينوم الخاص بك
- للعثور على عنوان URL والمفتاح الخاص بك، انتقل إلى مدخل Azure وافتح صفحة حساب Microsoft Genomics. ضمن عنوان الإدارة ، اختر مفاتيح الوصول. هناك ، يمكنك العثور على كل من عنوان URL لواجهة برمجة التطبيقات ومفاتيح الوصول الخاصة بك.
المعرف - معرف سير العمل
- للعثور على نوع معرف سير العمل في msgen list الأمر. بافتراض أن ملف التكوين الخاص بك يحتوي على عنوان URL ومفاتيح الوصول الخاصة بك ، ويقع في نفس موقع msgen exe ، سيبدو الأمر كما يلي:
```
msgen list -f "config.txt"
```
  سيبدو الإخراج من هذا الأمر كما يلي:
```
	Microsoft Genomics command-line client v0.7.4
        Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved.

        Workflow List
        -------------
        Total Count  : 1

        Workflow ID     : 10001
        Status          : Completed successfully
        Message         :
        Process         : snapgatk-20180730_1
        Description     :
        Created Date    : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT
        End Date        : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT
        Wall Clock Time : 0h 27m 48s
        Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)
```
ملاحظة

بدلا من ذلك ، يمكنك تضمين المسار إلى ملف التكوين بدلا من إدخال عنوان URL والمفتاح مباشرة. إذا قمت بتضمين هذه الوسيطات في سطر الأوامر بالإضافة إلى ملف التكوين، فستكون الأولوية لوسيطات سطر الأوامر.

بالنسبة لمعرف سير العمل 1001 ، وملف config.txt تم وضعه في نفس المسار مثل msgen القابل للتنفيذ ، سيبدو الأمر كما يلي:

msgen status -w 1001 -f "config.txt"

2. فحص محتويات standardoutput.txt

حدد موقع حاوية الإخراج لسير العمل المعني. يقوم MSGEN بإنشاء [workflowfilename].logs.zip مجلد بعد كل تنفيذ سير عمل. قم بفك ضغط المجلد لعرض محتوياته:

outputFileList.txt - قائمة بملفات الإخراج المنتجة أثناء سير العمل
standarderror.txt - هذا الملف فارغ.
standardoutput.txt - يسجل جميع رسائل الحالة ذات المستوى الأعلى بما في ذلك الأخطاء التي حدثت أثناء تشغيل سير العمل.
ملفات سجل GATK - جميع الملفات الأخرى في logs المجلد

لاستكشاف الأخطاء وإصلاحها، افحص محتويات standardoutput.txt ولاحظ أي رسائل خطأ تظهر.

الخطوة 2: تجربة الخطوات الموصى بها للأخطاء الشائعة

يسلط هذا القسم الضوء بإيجاز على الأخطاء الشائعة الناتجة عن خدمة Microsoft Genomics (msgen) والاستراتيجيات التي يمكنك استخدامها لحلها.

يمكن لخدمة Microsoft Genomics (msgen) رمي النوعين التاليين من الأخطاء:

أخطاء الخدمة الداخلية: الأخطاء الداخلية للخدمة، والتي قد لا يتم حلها عن طريق إصلاح المعلمات أو ملفات الإدخال. في بعض الأحيان قد تؤدي إعادة إرسال سير العمل إلى إصلاح هذه الأخطاء.
أخطاء الإدخال: الأخطاء التي يمكن حلها باستخدام الوسيطات الصحيحة أو إصلاح تنسيقات الملفات.

1. أخطاء الخدمة الداخلية

خطأ خدمة داخلي غير قابل للتنفيذ من قبل المستخدم. يمكنك إعادة إرسال سير العمل ولكن إذا لم ينجح ذلك، فاتصل بدعم Microsoft Genomics

رسالة الخطأ	الخطوات الموصى بها لاستكشاف الأخطاء وإصلاحها
حدث خطأ داخلي. حاول إعادة إرسال سير العمل. إذا رأيت هذا الخطأ مرة أخرى، فاتصل بدعم Microsoft Genomics للحصول على المساعدة	أرسل سير العمل مرة أخرى. اتصل بدعم Microsoft Genomics للحصول على المساعدة إذا استمرت المشكلة عن طريق إنشاء تذكرة دعم.

2. أخطاء الإدخال

هذه الأخطاء قابلة للتنفيذ من قبل المستخدم. استنادا إلى نوع الملف ورمز الخطأ، تقوم خدمة Microsoft Genomics بإخراج رموز خطأ متميزة. اتبع خطوات استكشاف الأخطاء وإصلاحها الموصى بها المدرجة أدناه.

نوع الملف	رمز الخطأ	رسالة الخطأ	الخطوات الموصى بها لاستكشاف الأخطاء وإصلاحها
أي	701	قراءة [readId] لديها قواعد [numberOfBases] ، ولكن الحد الأقصى هو [maxReadLength]	السبب الأكثر شيوعا لهذا الخطأ هو تلف الملفات مما يؤدي إلى تسلسل قراءتين. تحقق من ملفات الإدخال.
ام	200	غير قادر على قراءة الملف '[yourFileName]'.	تحقق من تنسيق ملف BAM. أرسل سير العمل مرة أخرى باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	201	غير قادر على قراءة ملف BAM [File_name].	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	202	غير قادر على قراءة ملف BAM [File_name]. ملف رأس صغير جدا ومفقود.	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	203	غير قادر على قراءة ملف BAM [File_name]. رأس الملف تالف.	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	204	غير قادر على قراءة ملف BAM [File_name]. رأس الملف تالف.	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	205	غير قادر على قراءة ملف BAM [File_name]. رأس الملف تالف.	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	206	غير قادر على قراءة ملف BAM [File_name]. رأس الملف تالف.	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	207	غير قادر على قراءة ملف BAM [File_name]. ملف مقتطع بالقرب من الإزاحة [إزاحة].	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
ام	208	ملف BAM غير صالح. لا يحتوي ReadID [Read_Id] على تسلسل في الملف [File_name].	تحقق من تنسيق ملف BAM. إرسال سير العمل باستخدام ملف منسق بشكل صحيح.
فاستك كيو	300	غير قادر على قراءة ملف FASTQ. [File_name] لا ينتهي بسطر جديد.	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	301	غير قادر على قراءة ملف FASTQ [File_name]. سجل FASTQ أكبر من حجم المخزن المؤقت عند الإزاحة: [_offset]	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	302	خطأ في بناء جملة FASTQ. يحتوي الملف [File_name] على سطر فارغ.	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	303	خطأ في بناء جملة FASTQ. يحتوي الملف[File_name] على حرف بداية غير صالح عند الإزاحة: [_offset]، نوع السطر: [line_type]، الحرف: [_char]	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	304	خطأ في بناء جملة FASTQ في readID [_ReadID]. لا تحتوي القراءة الأولى للدفعة على معرف القراءة الذي ينتهي ب /1 في الملف [File_name]	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	305	خطأ في بناء جملة FASTQ في readID [_readID]. القراءة الثانية للدفعة لا تحتوي على readID تنتهي ب /2 في الملف [File_name]	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	306	خطأ في بناء جملة FASTQ في readID [_ReadID]. لا تحتوي القراءة الأولى للزوج على معرف ينتهي ب /1 في الملف [File_name]	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	307	خطأ في بناء جملة FASTQ في readID [_ReadID]. لا ينتهي ReadID ب /1 أو /2. لا يمكن استخدام الملف [File_name] كملف FASTQ مقترن.	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.
فاستك كيو	308	خطأ في قراءة FASTQ. استجابت قراءات كلا الطرفين بشكل مختلف. هل اخترت ملفات FASTQ الصحيحة؟	قم بتصحيح تنسيق ملف FASTQ وإرسال سير العمل مرة أخرى.

الخطوة 3: الاتصال بدعم Microsoft Genomics

إذا استمر لديك فشل في العمل، أو إذا كان لديك أي أسئلة أخرى، فاتصل بدعم Microsoft Genomics من مدخل Azure. يمكن العثور على معلومات إضافية حول كيفية تقديم طلب دعم هنا.

الخطوات التالية

في هذه المقالة، تعلمت كيفية استكشاف الأخطاء وإصلاحها وحل المشكلات الشائعة مع خدمة Microsoft Genomics. لمزيد من المعلومات والأسئلة المتداولة بشكل عام، راجع الأسئلة الشائعة.