Tento článek uvádí hlavní dotazy, které můžete mít související s Microsoft Genomics. Další informace o službě Microsoft Genomics najdete v tématu Co je Microsoft Genomics?. Další informace o řešení potíží najdete v našem průvodci odstraňováním potíží.
Návody spouštění pracovních postupů GATK4 na Microsoft Genomics?
V Microsoft Genomics souboru config.txt zadejte název process_name gatk4 na . Upozorňujeme, že se vám budou účtovat běžné fakturační sazby.
Návody povolit kompresi výstupu?
Výstupní vcf nebo gvcf můžete komprimovat pomocí volitelného argumentu pro kompresi výstupu. Jedná se o ekvivalent spuštění následované výstupem vcf nebo gvcf, který vytváří -bgzip -tabix .gz (výstup bgzip) a .tbi (výstup tabix). bgzip zkomprimuje soubor vcf nebo gvcf tabix a vytvoří index pro komprimovaný soubor. Argument je logická hodnota, která je ve výchozím nastavení nastavená na hodnotu pro výstup vcf a ve výchozím nastavení false na hodnotu pro výstup true gcvf. Pokud chcete použít na příkazovém řádku, zadejte -bz --bgzip-output nebo jako (spusťte příkaz bgzip a true tabix) nebo false . Pokud chcete tento argument použít v config.txt souboru, přidejte bgzip_output: true do bgzip_output: false souboru nebo .
Jaká je smlouva SLA pro Microsoft Genomics?
Zaručujeme, že 99,9 % času, Microsoft Genomics služba bude k dispozici pro příjem požadavků rozhraní API pracovního postupu. Další informace najdete v tématu SLA.
Jak se využití těchto Microsoft Genomics zobrazí na mé fakturě?
Microsoft Genomics faktur na základě počtu gigabase zpracovaných podle pracovního postupu. Další informace najdete na stránce s cenami.
Kde najdu seznam všech možných příkazů a argumentů pro `msgen` klienta?
Úplný seznam dostupných příkazů a argumentů můžete získat spuštěním msgen help příkazu . Pokud nejsou k dispozici žádné další argumenty, zobrazí se seznam dostupných částí nápovědy, jeden pro každý submit z , , a list cancel status . Pokud chcete získat nápovědu ke konkrétnímu příkazu, zadejte msgen help command , například msgen help submit vypíše všechny možnosti odeslání.
Jaké jsou nejčastěji používané příkazy pro `msgen` klienta?
Nejčastěji používané příkazy jsou argumenty pro msgen klienta:
| Příkaz | Popis pole |
|---|---|
list |
Vrátí seznam úloh, které jste odeslali. Argumenty najdete v tématu msgen help list . |
submit |
Odešle požadavek pracovního postupu do služby. Argumenty najdete v tématu msgen help submit . |
status |
Vrátí stav pracovního postupu určeného parametrem --workflow-id . Viz také msgen help status . |
cancel |
Odešle požadavek na zrušení zpracování pracovního postupu určeného parametrem --workflow-id . Viz také msgen help cancel . |
Kde mám získat hodnotu `--api-url-base` pro ?
Přejděte na Azure Portal a otevřete stránku účtu Genomics. Pod nadpisem Správa zvolte Přístupové klíče. Tady najdete adresu URL rozhraní API i přístupové klíče.
Kde mám získat hodnotu `--access-key` pro ?
Přejděte na Azure Portal a otevřete stránku účtu Genomics. Pod nadpisem Správa zvolte Přístupové klíče. Tady najdete adresu URL rozhraní API i přístupové klíče.
Proč potřebuji dva přístupové klíče?
Pro případ, že je chcete aktualizovat (znovu vygenerovat) bez přerušení používání služby, potřebujete dva přístupové klíče. Pokud například chcete aktualizovat první klíč, měli byste mít všechny nové pracovní postupy, které používají druhý klíč. Potom před aktualizací prvního klíče počkejte na dokončení všech pracovních postupů pomocí prvního klíče.
Uložíte mi klíče účtu úložiště?
Klíč účtu úložiště slouží k vytvoření krátkodobých přístupových tokenů pro službu Microsoft Genomics čtení vstupních souborů a zápis výstupních souborů. Výchozí doba trvání tokenu je 48 hodin. Dobu trvání tokenu je možné změnit pomocí -sas/--sas-duration možnosti příkazu pro odeslání. Hodnota je v hodinách.
Ukládá Microsoft Genomics data zákazníků?
No. Microsoft Genomics neukládá žádná zákaznická data.
Jaké odkazy na genom můžu použít?
Podporují se tyto odkazy:
| Reference | Hodnota -pa/--process-args |
|---|---|
| b37 | R=b37m1 |
| hg38 | R=hg38m1 |
| hg38 (bez analýzy alt) | R=hg38m1x |
| hg19 | R=hg19m1 |
Návody naformátovat argumenty příkazového řádku jako konfigurační soubor?
Nástroj msgen rozumí konfiguračním souborům v následujícím formátu:
Všechny možnosti jsou k dispozici jako páry klíč-hodnota s hodnotami oddělenými od klíčů dvojtečkou. Prázdné znaky se ignorují.
Řádky začínající na
#se ignorují.Jakýkoli argument příkazového řádku v dlouhém formátu lze převést na klíč tak, že se jeho počáteční pomlčky zrušují a nahradí se pomlčky mezi slovy podtržítky. Tady je několik příkladů převodu:
Argument příkazového řádku Řádek konfiguračního souboru -u/--api-url-base https://urlapi_url_base:https://url -k/--access-key KEYaccess_key:KLÍČ -pa/--process-args R=B37m1process_args:R-b37m1
Další kroky
Následující zdroje informací vám poslané posou Microsoft Genomics:
- Můžete začít tím, že svůj první pracovní postup projdete Microsoft Genomics služby. Spuštění pracovního postupu prostřednictvím Microsoft Genomics služby
- Odešlete vlastní data ke zpracování službou Microsoft Genomics: paired FASTQ | BAM | Multiple FASTQ nebo BAM