Digitale Pathologie mit dem DICOM-Dienst

  • Artikel

Pathologie ist ein Zweig der medizinischen Wissenschaft in erster Linie über die Ursache, den Ursprung und die Art der Krankheit. Es umfasst die Untersuchung von Geweben, Organen, Körperflüssigkeiten und Autopsien, um Krankheiten zu untersuchen und zu diagnostizieren.

Historisch werden Biografie Psien von Geweben in Glasfolien gelagert und unter dem Mikroskop untersucht. Dies schafft Herausforderungen, wenn Kliniker und Pathologien Informationen für Konsultationen und Diagnosen sowie für die Forschung austauschen müssen.

Digitale Bildgebung wird immer beliebter im Bereich der Pathologie als Möglichkeit, das Teilen von Bildern außerhalb des Labors, training AI/ML Modelle und für eine langfristige Lagerung zu unterstützen. Diese Transformation wird durch die kommerzielle Verfügbarkeit von Instrumenten für die Digitalisierung von Mikroskopfolien angetrieben.

Heute geben digitale Pathologiescanner in der Regel die Bildgebung in proprietäre Formate aus. Dies erschwert das Teilen und KI/ML-Modelltraining und weicht viele der Vorteile der Digitalisierung ab. Um diese Transformation zu vereinfachen, beginnen viele Organisationen, digitale Folien Wer le Slide Imaging (WSI) in das DICOM-Standardformat zu konvertieren. Sobald diese Bilder im DICOM-Format® vorliegen, können diese Bilder in kommerziell verfügbaren PACS-Systemen gespeichert werden, wo sie mit Tools und Prozessen verwaltet werden können, die über Jahrzehnte von Radiologen perfektioniert wurden.

DICOM Service für digitale Pathologie

Der DICOM-Service unterstützt einzigartige digitale Pathologie-Anforderungen wie:

  1. Skalierung und Leistung, die zum Hochladen der Pathologie DICOM-Instanzen erforderlich sind, die mehrere GBs in Größe sind.
  2. Schneller Framezugriff, um dem Web-Viewer das Verschieben und Zoomen von DICOM-Pathologiebildern ohne Verzögerungen oder Unschärfe zu ermöglichen.
  3. Eine kostengünstige Möglichkeit, Bilder langfristig nach der Diagnose für die Archivierung und Forschung zu speichern.

Diagram showing whole-slide imaging digitization and cloud storage.

Digitalisierung

Obwohl der DICOM-Standard jetzt ganze Folienbilder (WSI) unterstützt, erfassen viele Kaufscanner keine Bilder im DICOM-Format. Der DICOM-Dienst unterstützt nur Bilder im DICOM-Format, daher ist für WSI in anderen Formaten eine Formatkonvertierung erforderlich. Es gibt mehrere kommerzielle und Open-Source-Lösungen, um diese Formatkonvertierungen durchzuführen.

Hier sind einige Beispiele für Open Source-Tools zum Erstellen eines eigenen Konverters:

Storage

Jedes konvertierte WSI führt zu einer DICOM-Serie mit mehreren Instanzen.

Batchupload

In Anbetracht der größeren Größe und Anzahl von Instanzen, die hochgeladen werden müssen, empfehlen wir den Batchupload jeder Reihe oder eines Batches von konvertierten WSIs mithilfe des Importvorgangs.

Streamingupload

Wenn Sie jede Datei so hochladen möchten, wie sie konvertiert werden, können Sie die Einzelteilanforderung stOW wie unten verwenden.

Voraussetzungen

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Wir haben die Unterstützung von Dutzenden von GBs in wenigen Sekunden getestet.

Abrufen

Viewer rufen Kacheln ab, die als Frames in einer DICOM-Instanz gespeichert sind. Jede DICOM-Instanz kann mehrere Frames enthalten. Es wird empfohlen, paralleles GET-Frame für eine bessere Leistung zu verwenden.

Voraussetzungen

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Wir haben den unterstützenden Download von 60 Kb Kachel in ca. 60-70 ms vom Client getestet.

Besucher

Wir empfehlen die Verwendung eines WSI-Viewers, der mit einem DICOMWeb-Dienst und einer OIDC-Authentifizierung konfiguriert werden kann.

Beispiel für open-source Viewer

Befolgen Sie die CORS-Richtlinien , wenn der Viewer direkt mit dem DICOM-Dienst interagiert

Suchen eines ISV-Partners

Wenden Sie sich an dicom-support@microsoft.com unsere Partner-ISVs, die End-to-End-Lösungen und Support bieten.

Nächste Schritte

Bereitstellen des DICOM-Diensts in Azure

Verwenden von DICOMweb-APIs mit dem DICOM-Dienst

Hinweis

DICOM® ist die eingetragene Marke des National Electrical Manufacturers Association für seine Standards-Publikationen über die digitale Kommunikation medizinischer Informationen.