Übermitteln eines Workflows mit FASTQ-Eingabedateien in Microsoft Genomics

In diesem Artikel erfahren Sie, wie Sie einen Workflow an den Microsoft Genomics-Dienst übermitteln, wenn es sich bei Ihren Eingabedateien um ein einzelnes FASTQ-Dateipaar handelt. In diesem Thema wird vorausgesetzt, dass Sie den msgen-Client bereits installiert und ausgeführt haben und mit der Verwendung von Azure Storage vertraut sind. Wenn Sie erfolgreich einen Workflow mit den bereitgestellten Beispieldaten übermittelt haben, können Sie mit diesem Artikel fortfahren.

Einrichten: Hochladen Ihrer FASTQ-Dateien in Azure Storage

Angenommen, Sie haben zwei Dateien (reads_1.fq.gz und reads_2.fq.gz) als https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_1.fq.gz und an Ihr Azure-Speicherkonto myaccount hochgeladen. Sie verfügen über die API-URL und den Zugriffsschlüssel. Als Ausgabeziel möchten Sie https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs verwenden.

Übermitteln Ihres Auftrags an den msgen-Client

Der msgen-Client benötigt mindestens folgende Argumente. Zur besseren Übersichtlichkeit wurden Zeilenumbrüche eingefügt:

Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Unix:

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Falls Sie lieber eine Konfigurationsdatei verwenden möchten, muss diese Folgendes enthalten:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Übermitteln Sie die Datei config.txt mithilfe des folgenden Aufrufs: msgen submit -f config.txt

Nächste Schritte

In diesem Artikel haben Sie ein FASTQ-Dateipaar in Azure Storage hochgeladen und einen Workflow über den msgen-Python-Client an den Microsoft Genomics-Dienst übermittelt. Weitere Informationen zur Workflowübermittlung sowie zu anderen Befehlen für den Microsoft Genomics-Dienst finden Sie in den häufig gestellten Fragen.