Microsoft Genomics: preguntas frecuentesMicrosoft Genomics: Common questions

En este artículo se enumeran las principales consultas que pueden surgir en relación con Microsoft Genomics.This article lists the top queries you might have related to Microsoft Genomics. Para más información acerca del servicio de Microsoft Genomics, consulte ¿Qué es Microsoft Genomics?.For more information on the Microsoft Genomics service, see What is Microsoft Genomics?. Para más información acerca de cómo solucionar problemas, consulte el documento Troubleshooting guide (Guía para la solución de problemas).For more information about troubleshooting, see our Troubleshooting Guide.

¿Cómo se pueden ejecutar los flujos de trabajo de GATK4 en Microsoft Genomics?How do I run GATK4 workflows on Microsoft Genomics?

En el archivo config.txt del servicio Microsoft Genomics, especifique el argumento process_name en gatk4.In the Microsoft Genomics service's config.txt file, specify the process_name to gatk4. Tenga en cuenta que se le cobrarán tarifas normales de facturación.Note that you will be billed at regular billing rates.

¿Cómo habilito la compresión de salida?How do I enable output compression?

Puede comprimir el archivo vcf o gvcf de salida con un argumento opcional para la compresión de salida.You can compress the output vcf or gvcf using an optional argument for output compression. Esto es equivalente a ejecutar -bgzip seguido de -tabix en la salida del archivo vcf o gvcf para generar archivos .gz (salida de bgzip) y .tbi (salida de tabix).This is equivalent to running -bgzip followed by -tabix on the vcf or gvcf output, to produce .gz (bgzip output) and .tbi (tabix output) files. bgzip comprime el archivo vcf o gvcf y tabix crea un índice para el archivo comprimido.bgzip compresses the vcf or gvcf file, and tabix creates an index for the compressed file. El argumento es un valor booleano, que se establece en false de forma predeterminada para la salida de vcf y true de forma predeterminada para la salida de gcvf.The argument is a boolean, which is set to false by default for vcf output, and to true by default for gcvf output. Para usarlo en la línea de comandos, especifique -bz o --bgzip-output como true (ejecute bgzip y tabix) o false.To use on the command line, specify -bz or --bgzip-output as true (run bgzip and tabix) or false. Para usar este argumento en el archivo config.txt, agregue bgzip_output: true o bgzip_output: false al archivo.To use this argument in the config.txt file, add bgzip_output: true or bgzip_output: false to the file.

¿Qué es el SLA de Microsoft Genomics?What is the SLA for Microsoft Genomics?

Le garantizamos que el 99,9 % de las veces el servicio de Microsoft Genomics estará disponible para recibir las solicitudes de API del flujo de trabajo.We guarantee that 99.9% of the time Microsoft Genomics service will be available to receive workflow API requests. Para más información, consulte Acuerdo de Nivel de Servicio.For more information, see SLA.

¿Cómo se refleja el uso de Microsoft Genomics en la factura?How does the usage of Microsoft Genomics show up on my bill?

Microsoft Genomics factura según el número de gigabases procesadas por flujo de trabajo.Microsoft Genomics bills based on the number of gigabases processed per workflow. Para obtener más información, consulte el apartado Precios.For more information, see Pricing.

¿Dónde puedo encontrar una lista de todos los comandos y argumentos posibles para el cliente msgen?Where can I find a list of all possible commands and arguments for the msgen client?

Puede obtener una lista completa de comandos y argumentos disponibles ejecutando msgen help.You can get a full list of available commands and arguments by running msgen help. Si no se proporciona ningún argumento más, se muestra una lista con las secciones de ayuda disponibles; una para cada uno de los comandos submit, list, cancel y status.If no further arguments are provided, it shows a list of available help sections, one for each of submit, list, cancel, and status. Para obtener ayuda sobre un comando específico, escriba msgen help command; por ejemplo, msgen help submit enumera todas las opciones de envío.To get help for a specific command, type msgen help command; for example, msgen help submit lists all of the submit options.

¿Cuáles son los comandos qué más usa el cliente msgen?What are the most commonly used commands for the msgen client?

Los comandos más usados son argumentos del cliente msgen e incluyen:The most commonly used commands are arguments for the msgen client include:

ComandoCommand Descripción del campoField description
list Devuelve una lista con los trabajos que se han enviado.Returns a list of jobs you have submitted. Para ver los argumentos, consulte msgen help list.For arguments, see msgen help list.
submit Envía una solicitud de flujo de trabajo al servicio.Submits a workflow request to the service. Para ver los argumentos, consulte msgen help submit.For arguments, see msgen help submit.
status Devuelve el estado del flujo de trabajo que especificó --workflow-id.Returns the status of the workflow specified by --workflow-id. Vea también msgen help status.See also msgen help status.
cancel Envía una solicitud para cancelar el procesamiento del flujo de trabajo que especificó --workflow-id.Sends a request to cancel processing of the workflow specified by --workflow-id. Vea también msgen help cancel.See also msgen help cancel.

¿Dónde se puede obtener el valor de --api-url-base?Where do I get the value for --api-url-base?

Vaya a Azure Portal y abra la página de la cuenta de Genomics.Go to Azure portal and open your Genomics account page. En el encabezado Administración, elija Claves de acceso.Under the Management heading, choose Access keys. Allí encontrará la URL de la API y las claves de acceso.There, you find both the API URL and your access keys.

¿Dónde se puede obtener el valor de --access-key?Where do I get the value for --access-key?

Vaya a Azure Portal y abra la página de la cuenta de Genomics.Go to Azure portal and open your Genomics account page. En el encabezado Administración, elija Claves de acceso.Under the Management heading, choose Access keys. Allí encontrará la URL de la API y las claves de acceso.There, you find both the API URL and your access keys.

¿Por qué necesito dos claves de acceso?Why do I need two access keys?

Necesita dos claves de acceso en caso de que quiera actualizarlas (regenerarlas) sin interrumpir el uso del servicio.You need two access keys in case you want to update (regenerate) them without interrupting usage of the service. Por ejemplo, si quiere actualizar la primera clave, debe hacer que todos los flujos de trabajo nuevos usen la segunda clave.For example, if you want to update the first key, you should have all new workflows use the second key. A continuación, espere a que todos los flujos de trabajo que usan la primera clave finalicen para poder actualizar dicha clave.Then, wait for all the workflows using the first key to finish before updating the first key.

¿Se guardan mis claves de cuenta de almacenamiento?Do you save my storage account keys?

La clave de cuenta de almacenamiento se usa para crear tokens de acceso a corto plazo para el servicio de Microsoft Genomics y así poder leer los archivos de entrada y escribir en los archivos de salida.Your storage account key is used to create short-term access tokens for the Microsoft Genomics service to read your input files and write the output files. La duración predeterminada del token es de 48 horas.The default token duration is 48 hours. La duración del token se puede cambiar con la opción -sas/--sas-duration del comando Enviar; el valor se indica en horas.The token duration can be changed with the -sas/--sas-duration option of the submit command; the value is in hours.

¿Almacena Microsoft Genomics datos de los clientes?Does Microsoft Genomics store customer data?

No.No. Microsoft Genomics no almacena datos de clientes.Microsoft Genomics does not store any customer data.

¿Qué referencias genómicas puedo usar?What genome references can I use?

Se admiten estas referencias:These references are supported:

ReferenciaReference Valor de -pa/--process-argsValue of -pa/--process-args
b37b37 R=b37m1
hg38hg38 R=hg38m1
hg38 (ningún análisis alternativo)hg38 (no alt analysis) R=hg38m1x
hg19hg19 R=hg19m1

¿Cómo puedo dar el formato de un archivo de configuración a los argumentos de la línea de comandos?How do I format my command-line arguments as a config file?

msgen comprende los archivos de configuración en el formato siguiente:msgen understands configuration files in the following format:

  • Todas las opciones se proporcionan como pares clave-valor con valores separados de las claves mediante dos puntos.All options are provided as key-value pairs with values separated from keys by a colon. Se ignora el espacio en blanco.Whitespace is ignored.

  • Las líneas que empiezan con # se ignoran.Lines starting with # are ignored.

  • Cualquier argumento de la línea de comandos que tenga un formato largo se puede convertir en una clave; para ello, hay que quitar los guiones principales y reemplazar los que están entre las palabras con guiones bajos.Any command-line argument in the long format can be converted to a key by stripping its leading dashes and replacing dashes between words with underscores. Estos son algunos ejemplos de conversión:Here are some conversion examples:

    Argumento de línea de comandosCommand-line argument Línea del archivo de configuraciónConfiguration file line
    -u/--api-url-base https://url api_url_base:https://urlapi_url_base:https://url
    -k/--access-key KEY access_key:KEYaccess_key:KEY
    -pa/--process-args R=B37m1 process_args:R-b37m1process_args:R-b37m1

Pasos siguientesNext steps

Use los siguientes recursos para empezar a trabajar con Microsoft Genomics:Use the following resources to get started with Microsoft Genomics: