Envío de un flujo de trabajo con una entrada de archivo BAMSubmit a workflow using a BAM file input

Este artículo muestra cómo enviar un flujo de trabajo al servicio de Microsoft Genomics, si el archivo de entrada es un archivo simple BAM.This article demonstrates how to submit a workflow to the Microsoft Genomics service if your input file is a single BAM file. En este tema se da por supuesto que ya ha instalado y ejecutado el cliente msgen y está familiarizado con el uso de Azure Storage.This topic assumes you have already installed and run the msgen client, and are familiar with how to use Azure Storage. Si ha enviado correctamente un flujo de trabajo usando los datos de ejemplo proporcionados, puede continuar con este artículo.If you have successfully submitted a workflow using the provided sample data, you are ready to proceed with this article.

Configuración: carga del archivo BAM en Azure StorageSet up: Upload your BAM file to Azure storage

Supongamos que tiene un único archivo BAM, reads.bam, y lo ha cargado en la cuenta de almacenamiento myaccount en Azure como https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads.bam .Let’s assume you have a single BAM file, reads.bam, and you have uploaded it to your storage account myaccount in Azure as https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads.bam. Tiene la dirección URL de la API y la clave de acceso.You have the API URL and your access key. Desea los resultados en https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs .You want to have outputs in https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Envío del trabajo al cliente msgenSubmit your job to the msgen client

Este es el conjunto mínimo de argumentos que debe proporcionar al cliente msgen; los saltos de línea se han agregado para mayor claridad:Here is the minimal set of arguments that you will need to provide to the msgen client; line breaks are added for clarity:

Para Windows:For Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Para Unix:For Unix

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Si prefiere usar un archivo de configuración, esto es lo que podría contener:If you prefer using a configuration file, here is what it would contain:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Envíe el archivo config.txt con esta invocación: msgen submit -f config.txtSubmit the config.txt file with this invocation: msgen submit -f config.txt

Pasos siguientesNext steps

En este artículo, se va a cargar un archivo BAM en Azure Storage y se va a enviar un flujo de trabajo al servicio Microsoft Genomics mediante el cliente de Python msgen.In this article, you uploaded a BAM file into Azure Storage and submitted a workflow to the Microsoft Genomics service through the msgen python client. Para obtener información adicional sobre el envío del flujo de trabajo y otros comandos que puede usar con el servicio Microsoft Genomics, vea nuestras preguntas más frecuentes.For additional information regarding workflow submission and other commands you can use with the Microsoft Genomics service, see our FAQ.