Menyiapkan lab untuk mengajarkan R di Linux

Artikel
10/27/2023

Catatan

Artikel ini mereferensikan fitur yang tersedia dalam paket lab, yang menggantikan akun lab.

R adalah bahasa dan lingkungan sumber terbuka untuk komputasi grafik. Ini digunakan dalam analisis statistik genetika untuk pemrosesan bahasa alami untuk menganalisis data keuangan. R memberikan pengalaman baris perintah interaktif. RStudio adalah lingkungan pengembangan interaktif (IDE) yang tersedia untuk bahasa R. Versi gratis menyediakan alat pengeditan kode, pengalaman penelusuran kesalahan terintegrasi, dan alat pengembangan paket.

Artikel ini hanya berfokus pada RStudio dan R sebagai blok penyusun untuk kelas yang memerlukan penggunaan komputasi statistik. Jenis kelas pembelajaran mendalam dan Python dan Jupyter Notebooks mengatur RStudio secara berbeda. Setiap artikel menjelaskan cara menggunakan gambar marketplace Ilmu Data Virtual Machine for Linux (Ubuntu), yang memiliki banyak alat terkait ilmu data, termasuk RStudio, yang telah diinstal sebelumnya.

Konfigurasi lab

Untuk menyiapkan lab ini, Anda memerlukan langganan Azure dan paket lab untuk memulai. Jika Anda tidak memiliki langganan Azure, buat akun gratis sebelum Anda memulai.

Konfigurasi sumber daya eksternal

Beberapa kelas memerlukan file, seperti file data besar, untuk disimpan secara eksternal. Lihat menggunakan penyimpanan file eksternal di Azure Lab Services untuk opsi dan instruksi penyiapan.

Jika Anda memilih untuk memiliki R Server bersama untuk siswa, server harus disiapkan sebelum lab dibuat. Untuk informasi selengkapnya tentang cara menyiapkan server bersama, lihat cara membuat lab dengan sumber daya bersama di Azure Lab Services. Untuk petunjuk membuat Server RStudio, lihat Mengunduh Server RStudio untuk Debian & Ubuntu dan Mengakses Sumber Terbuka Server RStudio.

Jika Anda memilih untuk menggunakan sumber daya eksternal apa pun, Anda perlu Koneksi ke jaringan virtual Anda di Azure Lab Services dengan paket lab Anda.

Penting

Jaringan tingkat lanjut harus diaktifkan selama pembuatan rencana lab Anda. Ini tidak dapat ditambahkan nanti.

Pengaturan paket lab

Setelah mendapatkan langganan Azure, Anda dapat membuat paket lab baru di Azure Lab Services. Untuk informasi selengkapnya tentang membuat rencana lab baru, lihat tutorial tentang cara menyiapkan rencana lab. Anda juga dapat menggunakan paket lab yang ada.

Aktifkan pengaturan paket lab Anda seperti yang dijelaskan dalam tabel berikut ini. Untuk mengetahui informasi selengkapnya tentang cara mengaktifkan gambar Marketplace Azure, lihat Menentukan citra Marketplace Azure yang tersedia bagi pembuat lab.

Pengaturan paket lab	Petunjuk
Gambar Marketplace	Aktifkan gambar Ubuntu Server 18.04 LTS .

Pengaturan lab

Untuk petunjuk tentang cara membuat lab, lihat Tutorial: Menyiapkan lab. Gunakan pengaturan berikut saat membuat lab.

Pengaturan lab	Nilai dan deskripsi
Ukuran Komputer Virtual	GPU Kecil (Komputasi)
Gambar VM	Ubuntu Server 18.04 LTS
Mengaktifkan koneksi desktop jarak jauh	Pengaturan ini harus diaktifkan jika Anda memilih untuk menggunakan RDP. Pengaturan ini tidak diperlukan jika Anda memilih \X2Go untuk tersambung ke mesin lab.

Jika Anda memilih untuk menggunakan RDP, Anda perlu terhubung ke VM Linux menggunakan SSH dan menginstal paket RDP dan GUI sebelum menerbitkan lab. Kemudian, siswa dapat terhubung ke VM Linux menggunakan RDP nanti. Untuk informasi lebih lanjut, lihat Aktifkan desktop jarak jauh grafis untuk Linux VM.

Konfigurasi templat

Setelah templat mesin dibuat, mulai mesin, dan sambungkan untuk menginstal R, RStudio Desktop dan secara opsional X2Go Server.

Pertama, mari kita perbarui apt dan mutakhirkan paket yang ada pada mesin.

sudo apt update 
sudo apt upgrade

Menginstal Server X2Go

Jika Anda memilih menggunakan X2Go, instal server. Anda harus terlebih dahulu Koneksi ke VM lab Linux menggunakan SSH untuk menginstal komponen server. Setelah selesai, sisa pengaturan dapat diselesaikan setelah tersambung menggunakan klien X2Go.

Penginstalan default X2Go tidak kompatibel dengan RStudio. Untuk mengatasi masalah ini, perbarui file opsi x2goagent.

Edit file /etc/x2go/x2goagent.options. Jangan lupa untuk mengedit file sebagai sudo.
1. Hapus komentar baris yang menyatakan: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
2. Beri komentar baris yang menyatakan: X2GO_NXAGENT_DEFAULT_OPTIONS+=" -extension GLX"
Hidupkan ulang server X2Go sehingga opsi baru digunakan.
```
sudo systemctl restart x2goserver
```

Atau, Anda dapat membangun pustaka yang diperlukan dengan mengikuti instruksi di solusi GLX untuk X2Go.

Menginstal R

Ada beberapa cara untuk menginstal R pada mesin virtual. Anda menginstal R dari repositori Comprehensive R Archive Network (CRAN). Ini menyediakan versi terbaru R. Setelah repositori ini ditambahkan ke komputer kami, Anda dapat menginstal R dan banyak paket terkait lainnya.

Kita perlu menambahkan repositori CRAN. Perintah dimodifikasi dari instruksi yang tersedia di Paket Ubuntu untuk petunjuk singkat R.

#download helper packages
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# download and add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
sudo wget -q "https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc" -O /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
#add repository
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/"

Sekarang kami dapat menginstal R, menjalankan perintah berikut:

sudo apt install r-base

Instal RStudio

Sekarang kami telah menginstal R secara lokal, kita dapat menginstal IDE RStudio. Kami menginstal versi gratis RStudio Desktop. Untuk semua versi yang tersedia, lihat Unduhan RStudio.

Impor kunci pendatanganan kode untuk RStudio.

sudo gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com  --recv-keys 3F32EE77E331692F

Unduh file Paket Debian Linux (.deb) untuk R Studio untuk Ubuntu. File dalam format rstudio-{version}-amd64.deb. Misalnya:

export rstudiover="1.4.1717"
wget --quiet -O rstudio.deb https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-$rstudiover-amd64.deb

Gunakan gdebi untuk menginstal RStudio. Pastikan untuk menggunakan jalur file untuk menunjukkan ke apt yang menginstal file lokal.
```
sudo apt install gdebi-core 
echo "y" | gdebi rstudio.deb –quiet
```

Paket CRAN

Sekarang waktunya untuk menginstal Paket CRAN apa pun yang Anda inginkan. Pertama, tambahkan repositori ‘c2d4u’ R 4.0 saat ini atau yang lebih baru.

sudo add-apt-repository ppa:c2d4u.team/c2d4u4.0+

Gunakan install.packages(“package name”) perintah dalam sesi interaktif R seperti yang ditunjukkan dalam artikeldaftar cepat paket R yang berguna. Secara bergantian, gunakan item menu Alat -> Instal Paket di RStudio.

Jika Anda memerlukan bantuan untuk menemukan paket, lihat daftar paket menurut tugas atau daftar abjad paket.

Biaya

Mari membahas contoh perkiraan biaya untuk kelas ini. Misalkan Anda memiliki kelas yang berisi 25 siswa. Setiap siswa memiliki 20 jam waktu kelas terjadwal. Setiap siswa juga memiliki tambahan 10 jam kuota untuk pekerjaan rumah atau tugas di luar waktu kelas yang dijadwalkan. Ukuran mesin virtual yang kami pilih adalah GPU Kecil (Komputasi), yaitu unit lab 139.

25 siswa × (20 jam terjadwal + 10 jam kuota) × 139 Unit Lab × 0,01 USD per jam = 1042,5 USD