Share via

동일한 샘플의 여러 입력을 사용하여 워크플로 제출

  • 아티클

이 문서에서는 입력 파일이 동일한 샘플에서 입력되는 여러 FASTQ 또는 BAM 파일인 경우 Microsoft Genomics 서비스에 워크플로를 제출하는 방법을 보여 줍니다. 예를 들어 시퀀서의 여러 레인에서 동일한 샘플을 실행한 경우 시퀀서는 각 레인별로 한 쌍의 FASTQ 파일을 출력할 수 있습니다. 정렬 및 변이 추출 전에 이러한 FASTQ 파일을 연결하는 대신 이러한 입력을 모두 msgen 클라이언트에 직접 제출할 수 있습니다. msgen 클라이언트의 출력은 .bam, .bai, .vcf 파일을 포함한 파일의 단일 집합입니다.

그러나 같은 제출에서 FASTQ와 BAM 파일을 혼합할 수 없습니다. 또한 여러 개인의 여러 FASTQ 또는 BAM 파일은 제출할 수 없습니다.

이 문서에서는 msgen 클라이언트를 이미 설치하여 실행하고 있으며 Azure Storage를 사용하는 방법을 잘 알고 있다고 가정합니다. 제공된 샘플 데이터를 사용하여 워크플로를 성공적으로 제출한 경우 이 문서를 진행할 준비가 된 것입니다.

여러 개의 BAM 파일

입력 파일을 Azure Storage에 업로드

입력 파일로서 reads.bam, additional_reads.bam, yet_more_reads.bam 등 BAM 파일이 여러 개 있고 Azure의 개인 스토리지 계정인 myaccount에 업로드했다고 가정해보겠습니다. API URL과 액세스 키를 보유하고 있습니다. https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs에 출력하려 합니다.

msgen 클라이언트에게 작업을 제출합니다.

--input-blob-name-1 인수에 모든 이름을 전달하여 여러 BAM 파일을 제출할 수 있습니다. 모든 파일은 동일한 샘플에서 가져와야 하지만 순서는 중요하지 않습니다. 다음 섹션에서는 Windows, Unix 및 구성 파일을 사용하는 명령줄의 예제 제출에 대해 자세히 설명합니다. 쉽게 알 수 있도록 줄 바꿈이 추가되었습니다.

Windows의 경우:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Unix의 경우

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

구성 파일 사용을 선호하는 경우 다음 내용이 포함됩니다.

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

이 호출로 config.txt 파일 제출: msgen submit -f config.txt

쌍으로 연결된 여러 개의 FASTQ 파일

입력 파일을 Azure Storage에 업로드

입력으로 reads_1.fq.gz와 reads_2.fq.gz, additional_reads_1.fq.gz와 additional_reads_2.fq.gz, yet_more_reads_1.fq.gz와 yet_more_reads_2.fq.gz 등 쌍으로 연결된 FASTQ 파일이 여러 개 있다고 가정해보겠습니다. Azure의 개인 스토리지 계정인 myaccount에 업로드했으며 API URL과 액세스 키를 가지고 있습니다. https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs에 출력하려 합니다.

msgen 클라이언트에게 작업을 제출합니다.

쌍으로 연결된 FASTQ 파일은 동일한 샘플에서 나온 것이어야 할 뿐만 아니라 함께 처리해야 합니다. 파일 이름의 순서는 --input-blob-name-1 및 --input-blob-name-2에 인수로서 전달될 때와 관련이 있습니다.

다음 섹션에서는 Windows, Unix 및 구성 파일을 사용하는 명령줄의 예제 제출에 대해 자세히 설명합니다. 쉽게 알 수 있도록 줄 바꿈이 추가되었습니다.

Windows의 경우:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Unix의 경우:

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

구성 파일 사용을 선호하는 경우 다음 내용이 포함됩니다.

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

이 호출로 config.txt 파일 제출: msgen submit -f config.txt

다음 단계

이 문서에서는 여러 개의 BAM 파일 또는 쌍으로 연결된 FASTQ 파일을 Azure Storage에 업로드했고 msgen Python 클라이언트를 통해 워크플로를 Microsoft Genomics 서비스에 제출했습니다. Microsoft Genomics 서비스에서 사용할 수 있는 워크플로 제출 및 기타 명령에 대한 자세한 내용은 FAQ를 참조하세요.