ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements

ENCODE(Encyclopedia of DNA Elements) 컨소시엄은 NHGRI(National Human Genome Research Institute)에서 자금을 제공한 연구 그룹의 진행 중인 국제 협업입니다. ENCODE의 목표는 단백질 및 RNA 수준에서 작용하는 요소를 비롯한 인간 게놈의 기능 요소와 유전자가 활성화된 환경과 세포를 제어하는 통제 요소의 포괄적인 부분 목록을 작성하는 것입니다.

ENCODE 조사관들은 다양한 분석 및 방법을 사용하여 기능 요소를 확인합니다. 유전자 요소의 발견 및 주석 달기는 주로 다양한 범위의 RNA 원본 유전자 배열 순서 밝히기, 비교 유전체학, 통합적 생물정보 기법, 사람의 큐레이션으로 이루어집니다. 통제 요소는 일반적으로 DNA 과민증 분석, DNA 메틸화 분석, DNA 및 RNA와 상호 작용하는 단백질의 IP(면역 침강)(즉, 수정된 히스톤, 전사 인자, 염색질 조정 장치, RNA 결합 단백질)를 통해 조사되며 그 이후에 유전자 배열 순서 밝히기가 진행됩니다.

참고

Microsoft는 Azure Open Datasets를 “있는 그대로” 제공합니다. Microsoft는 귀하의 데이터 세트 사용과 관련하여 어떠한 명시적이거나 묵시적인 보증, 보장 또는 조건을 제공하지 않습니다. 귀하가 거주하는 지역의 법규가 허용하는 범위 내에서 Microsoft는 귀하의 데이터 세트 사용으로 인해 발생하는 일체의 직접적, 결과적, 특별, 간접적, 부수적 또는 징벌적 손해 또는 손실을 비롯한 모든 손해 또는 손실에 대한 모든 책임을 부인합니다.

이 데이터 세트는 Microsoft가 원본 데이터를 받은 원래 사용 약관에 따라 제공됩니다. 데이터 세트에는 Microsoft가 제공한 데이터가 포함될 수 있습니다.

데이터 원본

이 데이터 세트는 https://www.encodeproject.org/ 에 있는 데이터 저장소의 미러입니다.

데이터 볼륨 및 업데이트 빈도

이 데이터 세트는 약 756TB의 데이터를 포함하며 한 달에 한 번 매월 첫째 주에 업데이트됩니다.

스토리지 위치

이 데이터 세트는 미국 서부 2 및 미국 중서부 Azure 지역에 저장됩니다. 선호도를 위해 미국 서부 2 또는 미국 중서부에서 컴퓨팅 리소스를 찾는 것이 좋습니다.

데이터 액세스

미국 서부 2: 'https://datasetencode.blob.core.windows.net/dataset '

미국 중서부: 'https://datasetencode-secondary.blob.core.windows.net/dataset '

SAS 토큰: ?sv=2019-10-10&si=prod&sr=c&sig=9qSQZo4ggrCNpybBExU8SypuUZV33igI11xw0P7rB3c%3D

사용 약관

외부 데이터 사용자는 형식 또는 크기에 관계없이 모든 ENCODE 데이터를 기반으로 한 결과를 제한 없이 자유롭게 다운로드, 분석 및 게시할 수 있으며, 개별 회원으로서 또는 컨소시엄의 일부로서 ENCODE 데이터 생산자에 대한 유예 기간을 포함하지 않습니다. 게시되지 않은 ENCODE 데이터를 사용하는 연구원은 데이터 생산자에게 연락하여 가능한 게시물에 대해 논의하는 것이 좋습니다. 이 컨소시엄은 자체적인 분석 작업의 결과를 독립적인 게시물로 계속 게시합니다.

ENCODE에서는 게시물 및 프레젠테이션에 ENCODE 데이터 세트(게시된 경우 또는 게시되지 않은 경우 모두 포함)를 사용하는 연구원은 https://www.encodeproject.org/help/citing-encode/에 보고된 다음과 같은 모든 방식으로 ENCODE 컨소시엄을 인용하도록 요청합니다.

연락처

궁금하거나 우려되는 점 또는 의견이 있는 경우 지원 센터(encode-help@lists.stanford.edu)로 메일을 보내세요.

다음 단계

Open Datasets 카탈로그에서 나머지 데이터 세트를 봅니다.