Microsoft Genomics: Veelvoorkomende vragen

Geef in Microsoft Genomics van de config.txt service de naam process_name gatk4 op. Houd er rekening mee dat er tegen de reguliere factureringstarieven wordt gefactureerd.

U kunt de uitvoer-vcf of gvcf comprimeren met behulp van een optioneel argument voor uitvoercompressie. Dit komt overeen met het uitvoeren van gevolgd door op -bgzip -tabix de vcf- of gvcf-uitvoer om .gz (bgzip-uitvoer) en .tbi (tabix-uitvoer) bestanden te produceren. bgzip comprimeert het vcf- of gvcf-bestand en tabix maakt een index voor het gecomprimeerde bestand. Het argument is een Booleaanse booleaanse, die standaard is ingesteld op voor vcf-uitvoer en standaard op voor false true gcvf-uitvoer. Als u dit wilt gebruiken op de opdrachtregel, geeft u -bz of --bgzip-output op als true (voer bgzip en tabix uit) of false. Als u dit argument wilt gebruiken in het bestand config.txt, voegt u bgzip_output: true of bgzip_output: false toe aan het bestand.

We garanderen dat 99,9% van de tijd Microsoft Genomics service beschikbaar is voor het ontvangen van API-aanvragen voor werkstromen. Zie SLA voor meer informatie.

Microsoft Genomics op basis van het aantal gigabases dat per werkstroom wordt verwerkt. Ga voor meer informatie naar Prijzen.

U kunt een volledige lijst met beschikbare opdrachten en argumenten krijgen door uit te msgen help voeren. Als er geen verdere argumenten worden opgegeven, wordt er een lijst met beschikbare Help-secties weergegeven, één voor submit elk van , , en list cancel status . Als u hulp nodig hebt voor een specifieke opdracht, typt msgen help command u ; bijvoorbeeld een lijst met alle msgen help submit verzendopties.

De meest gebruikte opdrachten zijn argumenten voor de msgen client:

Ga naar Azure Portal en open uw Genomics-accountpagina. Kies onder de kop Beheer de optie Toegangssleutels. Daar vindt u zowel de API-URL als uw toegangssleutels.

Ga naar Azure Portal en open uw Genomics-accountpagina. Kies onder de kop Beheer de optie Toegangssleutels. Daar vindt u zowel de API-URL als uw toegangssleutels.

U hebt twee toegangssleutels nodig voor het geval u ze wilt bijwerken (opnieuw wilt maken) zonder het gebruik van de service te onderbreken. Als u bijvoorbeeld de eerste sleutel wilt bijwerken, moeten alle nieuwe werkstromen de tweede sleutel gebruiken. Wacht vervolgens tot alle werkstromen met de eerste sleutel zijn gemaakt voordat u de eerste sleutel bijwerkt.

Uw opslagaccountsleutel wordt gebruikt om toegangstokens voor de korte termijn te maken voor de Microsoft Genomics-service om uw invoerbestanden te lezen en de uitvoerbestanden te schrijven. De standaard duur van het token is 48 uur. De duur van het token kan worden gewijzigd met de -sas/--sas-duration optie van de opdracht verzenden; de waarde is in uren.

Nee. Microsoft Genomics worden geen klantgegevens opgeslagen.

Deze verwijzingen worden ondersteund:

msgen begrijpt configuratiebestanden in de volgende indeling:

• Alle opties worden aangeboden als sleutel-waardeparen met waarden die zijn gescheiden van sleutels door een dubbele punt. Witruimte wordt genegeerd.

• Regels die beginnen met # worden genegeerd.

• Elk opdrachtregelargument in de lange notatie kan worden geconverteerd naar een sleutel door de voorste streepjes te stripen en streepjes tussen woorden te vervangen door onderstrepingstekens. Hier zijn enkele voorbeelden van conversies:

  Opdrachtregelargument	Configuratiebestandsregel
  -u/--api-url-base https://url	api_url_base:https://url
  -k/--access-key KEY	access_key:KEY
  -pa/--process-args R=B37m1	process_args:R-b37m1

Volgende stappen

Gebruik de volgende resources om aan de slag te gaan met Microsoft Genomics:

• Ga aan de slag door uw eerste werkstroom uit te voeren via de Microsoft Genomics-service. Een werkstroom uitvoeren via de Microsoft Genomics-service
• Verzend uw eigen gegevens voor verwerking door de Microsoft Genomics-service: gekoppelde FASTQ | BAM | meerdere FASTQ of BAM