Biblioteca de cliente de Criação de Perfis para Cancro dos Serviços Cognitivos dos Serviços Cognitivos do Azure para Python – versão 1.0.0b1
O Health Insights é um Serviço de IA Aplicado do Azure criado com o Azure Cognitive Services Framework, que tira partido de vários Serviços Cognitivos, serviços de API de Cuidados de Saúde e outros recursos do Azure.
O modelo de Criação de Perfis de Cancro recebe registos clínicos de doentes com oncologia e produz testes de cancro, tais como categorias de TNM em fase clínica e categorias de TNM de fase patológica, bem como o local do tumor, a histologia.
Código fonte | Pacote (PyPI) | Documentação | de referência da APIDocumentação do | produto Exemplos
Introdução
Pré-requisitos
- O Python 3.7 ou posterior é necessário para utilizar este pacote.
- Precisa de uma subscrição do Azure para utilizar este pacote.
- Uma instância das Informações de Estado de Funcionamento dos Serviços Cognitivos existente.
Instalar o pacote
pip install azure-healthinsights-cancerprofiling
Esta tabela mostra a relação entre as versões do SDK e as versões de API suportadas do serviço:
| Versão do SDK | Versão de serviço da API suportada |
|---|---|
| 1.0.0b1 | 2023-03-01-preview |
Autenticar o cliente
Obter o ponto final
Pode encontrar o ponto final do recurso do serviço Informações de Estado de Funcionamento com o Portal do Azure ou a CLI do Azure
# Get the endpoint for the Health Insights service resource
az cognitiveservices account show --name "resource-name" --resource-group "resource-group-name" --query "properties.endpoint"
Obter a Chave de API
Pode obter a Chave de API a partir do recurso do serviço Informações de Estado de Funcionamento no portal do Azure. Em alternativa, pode utilizar o fragmento da CLI do Azure abaixo para obter a chave de API do recurso.
az cognitiveservices account keys list --resource-group <your-resource-group-name> --name <your-resource-name>
Criar um CancerProfilingClient com uma Credencial de Chave de API
Assim que tiver o valor da chave de API, pode passá-lo como uma cadeia numa instância do AzureKeyCredential. Utilize a chave como o parâmetro de credencial para autenticar o cliente:
import os
from azure.core.credentials import AzureKeyCredential
from azure.healthinsights.cancerprofiling.aio import CancerProfilingClient
KEY = os.environ["HEALTHINSIGHTS_KEY"]
ENDPOINT = os.environ["HEALTHINSIGHTS_ENDPOINT"]
cancer_profiling_client = CancerProfilingClient(endpoint=ENDPOINT, credential=AzureKeyCredential(KEY))
Operações de Long-Running
As operações de execução prolongada são operações que consistem num pedido inicial enviado ao serviço para iniciar uma operação, seguidas de consulta do serviço em intervalos para determinar se a operação foi concluída ou falhou e, se foi bem-sucedida, para obter o resultado.
Os métodos que suportam a análise de cuidados de saúde, a análise de texto personalizado ou várias análises são modelados como operações de execução prolongada.
O cliente expõe um begin_<method-name> método que devolve um objeto poller. Os autores da chamada devem aguardar que a operação seja concluída ao chamar result() o objeto poller devolvido do begin_<method-name> método .
Os fragmentos de código de exemplo são fornecidos para ilustrar a utilização de operações de execução prolongada abaixo.
Conceitos-chave
O modelo de Criação de Perfis de Cancro permite-lhe inferir atributos de cancro, como o local do tumor, a histologia, as categorias de TNM de fase clínica e as categorias de TNM de fase patológica a partir de documentos clínicos não estruturados.
Exemplos
A secção seguinte fornece vários fragmentos de código que abrangem algumas das tarefas mais comuns do serviço Health Insights - Cancer Profiling, incluindo:
Criação de Perfis para o Cancro
Inferir atributos chave do cancro, tais como site tumoral, histologia, categorias de TNM em fase clínica e categorias de TNM de fase patológica dos documentos clínicos não estruturados de um paciente.
import asyncio
import os
import datetime
from azure.core.credentials import AzureKeyCredential
from azure.healthinsights.cancerprofiling.aio import CancerProfilingClient
from azure.healthinsights.cancerprofiling import models
KEY = os.environ["HEALTHINSIGHTS_KEY"]
ENDPOINT = os.environ["HEALTHINSIGHTS_ENDPOINT"]
# Create an Onco Phenotype client
# <client>
cancer_profiling_client = CancerProfilingClient(endpoint=ENDPOINT,
credential=AzureKeyCredential(KEY))
# </client>
# Construct patient
# <PatientConstructor>
patient_info = models.PatientInfo(sex=models.PatientInfoSex.FEMALE, birth_date=datetime.date(1979, 10, 8))
patient1 = models.PatientRecord(id="patient_id", info=patient_info)
# </PatientConstructor>
# Add document list
# <DocumentList>
doc_content1 = """
15.8.2021
Jane Doe 091175-8967
42 year old female, married with 3 children, works as a nurse
Healthy, no medications taken on a regular basis.
PMHx is significant for migraines with aura, uses Mirena for contraception.
Smoking history of 10 pack years (has stopped and relapsed several times).
She is in c/o 2 weeks of productive cough and shortness of breath.
She has a fever of 37.8 and general weakness.
Denies night sweats and rash. She denies symptoms of rhinosinusitis, asthma, and heartburn.
On PE:
GENERAL: mild pallor, no cyanosis. Regular breathing rate.
LUNGS: decreased breath sounds on the base of the right lung. Vesicular breathing.
No crackles, rales, and wheezes. Resonant percussion.
PLAN:
Will be referred for a chest x-ray.
======================================
CXR showed mild nonspecific opacities in right lung base.
PLAN:
Findings are suggestive of a working diagnosis of pneumonia. The patient is referred to a
follow-up CXR in 2 weeks."""
patient_document1 = models.PatientDocument(type=models.DocumentType.NOTE,
id="doc1",
content=models.DocumentContent(
source_type=models.DocumentContentSourceType.INLINE,
value=doc_content1),
clinical_type=models.ClinicalDocumentType.IMAGING,
language="en",
created_date_time=datetime.datetime(2021, 8, 15))
doc_content2 = """
Oncology Clinic
20.10.2021
Jane Doe 091175-8967
42-year-old healthy female who works as a nurse in the ER of this hospital.
First menstruation at 11 years old. First delivery- 27 years old. She has 3 children.
Didn't breastfeed.
Contraception- Mirena.
Smoking- 10 pack years.
Mother- Belarusian. Father- Georgian.
About 3 months prior to admission, she stated she had SOB and was febrile.
She did a CXR as an outpatient which showed a finding in the base of the right lung-
possibly an infiltrate.
She was treated with antibiotics with partial response.
6 weeks later a repeat CXR was performed- a few solid dense findings in the right lung.
Therefore, she was referred for a PET-CT which demonstrated increased uptake in the right
breast, lymph nodes on the right a few areas in the lungs and liver.
On biopsy from the lesion in the right breast- triple negative adenocarcinoma. Genetic
testing has not been done thus far.
Genetic counseling- the patient denies a family history of breast, ovary, uterus,
and prostate cancer. Her mother has chronic lymphocytic leukemia (CLL).
She is planned to undergo genetic tests because the aggressive course of the disease,
and her young age.
Impression:
Stage 4 triple negative breast adenocarcinoma.
Could benefit from biological therapy.
Different treatment options were explained- the patient wants to get a second opinion."""
patient_document2 = models.PatientDocument(type=models.DocumentType.NOTE,
id="doc2",
content=models.DocumentContent(
source_type=models.DocumentContentSourceType.INLINE,
value=doc_content2),
clinical_type=models.ClinicalDocumentType.PATHOLOGY,
language="en",
created_date_time=datetime.datetime(2021, 10, 20))
doc_content3 = """
PATHOLOGY REPORT
Clinical Information
Ultrasound-guided biopsy; A. 18 mm mass; most likely diagnosis based on imaging: IDC
Diagnosis
A. BREAST, LEFT AT 2:00 4 CM FN; ULTRASOUND-GUIDED NEEDLE CORE BIOPSIES:
- Invasive carcinoma of no special type (invasive ductal carcinoma), grade 1
Nottingham histologic grade: 1/3 (tubules 2; nuclear grade 2; mitotic rate 1;
total score; 5/9)
Fragments involved by invasive carcinoma: 2
Largest measurement of invasive carcinoma on a single fragment: 7 mm
Ductal carcinoma in situ (DCIS): Present
Architectural pattern: Cribriform
Nuclear grade: 2-
-intermediate
Necrosis: Not identified
Fragments involved by DCIS: 1
Largest measurement of DCIS on a single fragment: Span 2 mm
Microcalcifications: Present in benign breast tissue and invasive carcinoma
Blocks with invasive carcinoma: A1
Special studies: Pending"""
patient_document3 = models.PatientDocument(type=models.DocumentType.NOTE,
id="doc3",
content=models.DocumentContent(
source_type=models.DocumentContentSourceType.INLINE,
value=doc_content3),
clinical_type=models.ClinicalDocumentType.PATHOLOGY,
language="en",
created_date_time=datetime.datetime(2022, 1, 1))
patient_doc_list = [patient_document1, patient_document2, patient_document3]
patient1.data = patient_doc_list
# <\DocumentList>
# Set configuration to include evidence for the cancer staging inferences
configuration = models.OncoPhenotypeModelConfiguration(include_evidence=True)
# Construct the request with the patient and configuration
cancer_profiling_data = models.OncoPhenotypeData(patients=[patient1], configuration=configuration)
poller = await cancer_profiling_client.begin_infer_cancer_profile(cancer_profiling_data)
cancer_profiling_result = await poller.result()
if cancer_profiling_result.status == models.JobStatus.SUCCEEDED:
results = cancer_profiling_result.results
for patient_result in results.patients:
print(f"\n==== Inferences of Patient {patient_result.id} ====")
for inference in patient_result.inferences:
print(
f"\n=== Clinical Type: {str(inference.type)} Value: {inference.value}\
ConfidenceScore: {inference.confidence_score} ===")
for evidence in inference.evidence:
data_evidence = evidence.patient_data_evidence
print(
f"Evidence {data_evidence.id} {data_evidence.offset} {data_evidence.length}\
{data_evidence.text}")
else:
errors = cancer_profiling_result.errors
if errors is not None:
for error in errors:
print(f"{error.code} : {error.message}")
Resolução de problemas
Geral
A biblioteca de cliente de Criação de Perfis de Cancro do Health Insights irá gerar exceções definidas no Azure Core.
Registo
Esta biblioteca utiliza a biblioteca de registo padrão para registo.
As informações básicas sobre sessões HTTP (URLs, cabeçalhos, etc.) são registadas ao INFO nível.
O registo de nível detalhado DEBUG , incluindo os corpos de pedido/resposta e os cabeçalhos não retotados , pode ser ativado no cliente ou por operação com o logging_enable argumento de palavra-chave.
Veja a documentação completa do registo do SDK com exemplos aqui.
Configuração opcional
Os argumentos de palavra-chave opcionais podem ser transmitidos ao nível do cliente e por operação. A documentação de referência azure-core descreve as configurações disponíveis para repetições, registo, protocolos de transporte e muito mais.
Passos seguintes
Documentação adicional
Para obter documentação mais extensa sobre a Criação de Perfis para o Cancro do Azure Health Insights, veja a documentação sobre a Criação de Perfis de Cancro no docs.microsoft.com.
Contribuir
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Este projeto adotou o Microsoft Open Source Code of Conduct (Código de Conduta do Microsoft Open Source). Para obter mais informações, veja a Code of Conduct FAQ (FAQ do Código de Conduta) ou envie um e-mail para opencode@microsoft.com com quaisquer perguntas ou comentários adicionais.
Azure SDK for Python
Comentários
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