Цифровая патология с помощью службы DICOM

  • Статья

Патология является ветвью медицинской науки в первую очередь относительно причины, происхождения и характера болезни. Он включает в себя исследование тканей, органов, телесных жидкости и вскрытий для изучения и диагностики заболеваний.

Исторически биография псы тканей хранятся в стеклянных слайдах и расследуются под микро область. Это создает проблемы, когда врачи и патологи должны совместно использовать информацию для консультаций и диагностики, а также для исследований.

Цифровые изображения становятся все более популярными в области патологии в качестве способа поддержки обмена изображениями за пределами лаборатории, обучения моделей ИИ/ML и для долгосрочного хранения. Это преобразование подпитывается коммерческой доступностью инструментов для оцифровки микро область слайдов.

Сегодня цифровые сканеры патологии обычно выводит изображения в собственные форматы. Это усложняет совместное использование и обучение модели ИИ/ML, что усложняет многие преимущества дигитализации. Чтобы упростить это преобразование, многие организации начинают преобразовывать цифровые слайды Кто le (WSI) в стандартный формат DICOM. После того как эти изображения находятся в формате DICOM®, эти изображения можно хранить в коммерческих доступных системах PACS, где их можно управлять с помощью средств и процессов, которые были усовершенствованы в течение десятилетий радиологами.

Служба DICOM для цифровой патологии

Служба DICOM поддерживает уникальные требования к цифровой патологии, такие как:

  1. Масштабирование и производительность, необходимые для отправки экземпляров DICOM, которые имеют размер нескольких ГБ.
  2. Быстрый доступ к кадрам, позволяющий веб-средству просмотра сдвигать и увеличивать изображения патологии DICOM без задержек или размытия.
  3. Экономичный способ хранения изображений долгосрочной после диагностики для архивного и исследовательского использования.

Diagram showing whole-slide imaging digitization and cloud storage.

Оцифровки

Хотя стандарт DICOM теперь поддерживает образы с целым слайдом (WSI), многие сканеры приобретения не записывают изображения в формате DICOM. Служба DICOM поддерживает только изображения в формате DICOM, поэтому для WSI в других форматах требуется преобразование формата. Для преобразования этих форматов существуют несколько коммерческих и открытых решений с открытым кодом.

Ниже приведены некоторые примеры открытый код средств для создания собственного конвертера:

Хранилище

Каждый преобразованный WSI приводит к серии DICOM с несколькими экземплярами.

Пакетная отправка

Учитывая больший размер и количество экземпляров, которые необходимо отправить, мы рекомендуем пакетную отправку каждой серии или пакет преобразованных WSIs с помощью импорта

Потоковая передача

Если вы хотите отправить каждый файл по мере их преобразования, можно использовать запрос одной части STOW, как показано ниже.

Необходимые условия

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Мы проверили поддержку отправки десятков ГБИТ-объектов в течение нескольких секунд.

Извлечение

Средства просмотра получают плитки, хранящиеся в виде кадров в экземпляре DICOM. Каждый экземпляр DICOM может содержать несколько кадров. Рекомендуется использовать параллельный кадр GET для повышения производительности.

Необходимые условия

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Мы проверили поддержку загрузки плитки 60 Кб примерно в 60–70 мс от клиента.

Читатели

Рекомендуется использовать любой средство просмотра WSI, который можно настроить с помощью службы DICOMWeb и проверки подлинности OIDC.

Пример средства просмотра с открытым кодом

Следуйте рекомендациям CORS, если средство просмотра напрямую взаимодействует со службой DICOM.

Поиск партнера по поставщикам программного обеспечения

Обратитесь к dicom-support@microsoft.com поставщику программного обеспечения, которые предоставляют комплексные решения и поддержку, чтобы работать с нашими поставщиками программного обеспечения.

Следующие шаги

Развертывание службы DICOM в Azure

Использование API DICOMweb со службой DICOM

Примечание.

DICOM® является зарегистрированным товарным знаком Национальной ассоциации производителей электрических технологий для публикаций по стандартам, касающихся цифровых коммуникаций медицинской информации.