GloWGR: hel genomregression

Anteckning

Det finns inte längre stöd för att köra SAIGE och SAIGE-gener-gener med glöd pipe-transformatorn. Vi rekommenderar att du använder GloWGR för att utföra associerings test i stället. Ett annat exempel på glöder-transformatorn finns i variant-anteckning med hjälp av pipe-transformator.

GloWGR är en skalbar Regressions metod som utvecklas i samarbete med Regeneron genetiska Center i öppen källkod med Project glöd. GloWGR är en distribuerad version av verktyget för enkel-nod regenie (se den andra versionen av bioRxiv för utskrift). GloWGR är ett företags klart verktyg som ger likvärdig precision till andra metoder för att helt kunna använda sig av regression, men med en bättre precisions storlek.

Skapa ett GloWGR-kluster

Kör GloWGR i Databricks Runtime 7,0 för genomik och senare.

  • Kluster konfigurationen bör använda Databricks runtime för genomik.
  • Använd de optimerade virtuella datorerna för bästa prestanda. Vi rekommenderar Standard_L16s_v2.

Exempelnotebook-fil

GloWGR Notebook

Hämta notebook-fil