Microsoft Genomics: Vanliga frågor

Den här artikeln listar de frågor som du kan ha relaterat till Microsoft Genomics. Mer information om Microsoft Genomics tjänsten finns i Vad är Microsoft Genomics?. Mer information om felsökning finns i vår felsökningsguide.

Hur gör jag för att köra GATK4-arbetsflöden på Microsoft Genomics?

I Microsoft Genomics-tjänstens config.txt anger du process_name till gatk4 . Observera att du debiteras enligt vanliga faktureringspriser.

Hur gör jag för att aktivera komprimering av utdata?

Du kan komprimera utdata-vcf eller gvcf med ett valfritt argument för utdatakomprimering. Detta motsvarar körning följt -bgzip av på -tabix vcf- eller gvcf-utdata för att skapa .gz (bgzip-utdata) och .tbi (tabix-utdata) filer. bgzip komprimerar vcf- eller gvcf-filen och tabix skapar ett index för den komprimerade filen. Argumentet är ett booleskt argument som är inställt på som standard för false vcf-utdata och till som true standard för gcvf-utdata. Om du vill använda på kommandoraden anger -bz du --bgzip-output eller som true (kör bgzip och tabix) eller false . Om du vill använda det här argumentet config.txt filen lägger du bgzip_output: true till eller i filen bgzip_output: false .

Vad är serviceavtalet för Microsoft Genomics?

Vi garanterar att 99,9 % av tiden Microsoft Genomics tjänsten är tillgänglig för att ta emot arbetsflödes-API-begäranden. Mer information finns i SLA.

Hur visas användningen Microsoft Genomics på min faktura?

Microsoft Genomics fakturor baserat på antalet gigabases som bearbetas per arbetsflöde. Mer information finns i Prissättning.

Var hittar jag en lista över alla möjliga kommandon och argument för `msgen` klienten?

Du kan hämta en fullständig lista över tillgängliga kommandon och argument genom att köra msgen help . Om inga ytterligare argument anges visas en lista över tillgängliga hjälpavsnitt, ett för var och en submit av , , och list cancel status . Om du vill få hjälp med ett visst kommando msgen help command skriver du . Till exempel visas alla msgen help submit inskickningsalternativ.

Vilka kommandon används oftast för `msgen` klienten?

De vanligaste kommandona är argument för msgen klienten:

Kommandot Fältbeskrivning
list Returnerar en lista över jobb som du har skickat. Argument finns i msgen help list .
submit Skickar en arbetsflödesbegäran till tjänsten. Argument finns i msgen help submit .
status Returnerar status för arbetsflödet som anges av --workflow-id . Se även msgen help status .
cancel Skickar en begäran om att avbryta bearbetningen av arbetsflödet som anges av --workflow-id . Se även msgen help cancel .

Var får jag värdet för `--api-url-base` ?

Gå till Azure Portal öppna genomics-kontosidan. Under rubriken Hantering väljer du Åtkomstnycklar. Där hittar du både API-URL:en och dina åtkomstnycklar.

Var får jag värdet för `--access-key` ?

Gå till Azure Portal öppna genomics-kontosidan. Under rubriken Hantering väljer du Åtkomstnycklar. Där hittar du både API-URL:en och dina åtkomstnycklar.

Varför behöver jag två åtkomstnycklar?

Du behöver två åtkomstnycklar om du vill uppdatera (återskapa) dem utan att avbryta användningen av tjänsten. Om du till exempel vill uppdatera den första nyckeln bör du ha alla nya arbetsflöden med den andra nyckeln. Vänta sedan tills alla arbetsflöden som använder den första nyckeln är klara innan du uppdaterar den första nyckeln.

Sparar du mina lagringskontonycklar?

Din lagringskontonyckel används för att skapa kortsiktiga åtkomsttoken för tjänsten Microsoft Genomics att läsa indatafilerna och skriva utdatafilerna. Standardtokenvaraktigheten är 48 timmar. Tokenvaraktigheten kan ändras med -sas/--sas-duration alternativet för skicka-kommandot. Värdet är i timmar.

Lagrar Microsoft Genomics kunddata?

Nej. Microsoft Genomics lagrar inga kunddata.

Vilka genomreferenser kan jag använda?

Dessa referenser stöds:

Referens Värdet för -pa/--process-args
b37 R=b37m1
hg38 R=hg38m1
hg38 (ingen alt-analys) R=hg38m1x
hg19 R=hg19m1

Hur gör jag för att formatera mina kommandoradsargument som en konfigurationsfil?

msgen förstår konfigurationsfiler i följande format:

  • Alla alternativ anges som nyckel/värde-par med värden avgränsade från nycklar med ett kolon. Blanksteg ignoreras.

  • Rader som börjar # med ignoreras.

  • Alla kommandoradsargument i det långa formatet kan konverteras till en nyckel genom att ta bort dess inledande bindestreck och ersätta bindestreck mellan ord med understreck. Här följer några konverteringsexempel:

    Kommandoradsargument Konfigurationsfilrad
    -u/--api-url-base https://url api_url_base:https://url
    -k/--access-key KEY access_key:KEY
    -pa/--process-args R=B37m1 process_args:R-b37m1

Nästa steg

Använd följande resurser för att komma igång med Microsoft Genomics: