Den här artikeln innehåller de vanligaste frågorna som du kan ha relaterade till Microsoft Genomics. Mer information om Microsoft Genomics-tjänsten finns i Vad är Microsoft Genomics?. Mer information om felsökning finns i vår felsökningsguide.
Hur gör jag för att köra GATK4-arbetsflöden på Microsoft Genomics?
I Microsoft Genomics-tjänstens config.txt-fil anger du process_name till gatk4. Observera att du debiteras enligt vanliga faktureringspriser.
Hur gör jag för att aktivera utdatakomprimering?
Du kan komprimera vcf- eller gvcf-utdata med hjälp av ett valfritt argument för utdatakomprimering. Detta motsvarar körning -bgzip följt av -tabix vcf- eller gvcf-utdata för att skapa .gz (bgzip-utdata) och .tbi (tabix-utdata) filer. bgzip komprimerar vcf- eller gvcf-filen och tabix skapar ett index för den komprimerade filen. Argumentet är ett booleskt värde som är inställt på false som standard för vcf-utdata och till true som standard för gcvf-utdata. Om du vill använda på kommandoraden anger -bz eller --bgzip-output som true (kör bgzip och tabix) eller false. Om du vill använda det här argumentet i config.txt-filen lägger du till bgzip_output: true eller bgzip_output: false i filen.
Vad är serviceavtalet för Microsoft Genomics?
Vi garanterar att 99,9 % av tiden som Microsoft Genomics-tjänsten är tillgänglig för att ta emot API-begäranden för arbetsflöden. Mer information finns i SLA.
Hur visas användningen av Microsoft Genomics på min faktura?
Microsoft Genomics fakturerar baserat på antalet gigabases som bearbetas per arbetsflöde. Mer information finns i Prissättning.
Var hittar jag en lista över alla möjliga kommandon och argument för "msgen"-klienten?
Du kan hämta en fullständig lista över tillgängliga kommandon och argument genom att köra msgen help. Om inga ytterligare argument anges visas en lista över tillgängliga hjälpavsnitt, ett för var och en av submit, list, canceloch status. Om du vill få hjälp med ett visst kommando skriver msgen help commanddu , till exempel msgen help submit visar en lista över alla sändningsalternativ.
Vilka är de vanligaste kommandona för "msgen"-klienten?
De vanligaste kommandona är argument för msgen klienten:
| Kommando | Fältbeskrivning |
|---|---|
list |
Returnerar en lista över jobb som du har skickat. Argument finns i msgen help list. |
submit |
Skickar en arbetsflödesbegäran till tjänsten. Argument finns i msgen help submit. |
status |
Returnerar statusen för arbetsflödet som anges av --workflow-id. Se även msgen help status. |
cancel |
Skickar en begäran om att avbryta bearbetningen av arbetsflödet som anges av --workflow-id. Se även msgen help cancel. |
Var får jag värdet för "--api-url-base"?
Gå till Azure Portal och öppna Genomics-kontosidan. Under rubriken Hantering väljer du Åtkomstnycklar. Där hittar du både API-URL:en och dina åtkomstnycklar.
Var får jag värdet för "--access-key"?
Gå till Azure Portal och öppna Genomics-kontosidan. Under rubriken Hantering väljer du Åtkomstnycklar. Där hittar du både API-URL:en och dina åtkomstnycklar.
Varför behöver jag två åtkomstnycklar?
Du behöver två åtkomstnycklar om du vill uppdatera (återskapa) dem utan att avbryta användningen av tjänsten. Om du till exempel vill uppdatera den första nyckeln bör du låta alla nya arbetsflöden använda den andra nyckeln. Vänta sedan tills alla arbetsflöden som använder den första nyckeln slutförs innan du uppdaterar den första nyckeln.
Sparar du mina lagringskontonycklar?
Din lagringskontonyckel används för att skapa kortsiktiga åtkomsttoken för Microsoft Genomics-tjänsten för att läsa dina indatafiler och skriva utdatafilerna. Standardvaraktigheten för token är 48 timmar. Tokenvaraktigheten kan ändras med -sas/--sas-duration alternativet skicka-kommandot. Värdet är i timmar.
Lagrar Microsoft Genomics kunddata?
Nej. Microsoft Genomics lagrar inga kunddata.
Vilka genomreferenser kan jag använda?
Dessa referenser stöds:
| Referens | Värdet för -pa/--process-args |
|---|---|
| b37 | R=b37m1 |
| hg38 | R=hg38m1 |
| hg38 (ingen alt-analys) | R=hg38m1x |
| hg19 | R=hg19m1 |
Hur gör jag för att formatera mina kommandoradsargument som en konfigurationsfil?
msgen förstår konfigurationsfiler i följande format:
Alla alternativ tillhandahålls som nyckel/värde-par med värden avgränsade från nycklar med ett kolon. Tomt utrymme ignoreras.
Rader som börjar med
#ignoreras.Alla kommandoradsargument i långt format kan konverteras till en nyckel genom att ta bort dess inledande bindestreck och ersätta bindestreck mellan ord med understreck. Här följer några konverteringsexempel:
Kommandoradsargument Konfigurationsfilrad -u/--api-url-base https://urlapi_url_base:https://url -k/--access-key KEYaccess_key:KEY -pa/--process-args R=B37m1process_args:R-b37m1
Nästa steg
Använd följande resurser för att komma igång med Microsoft Genomics:
- Kom igång genom att köra ditt första arbetsflöde via Microsoft Genomics-tjänsten. Kör ett arbetsflöde genom Microsoft Genomics-tjänsten
- Skicka dina egna data för bearbetning av Microsoft Genomics-tjänsten: parkopplade FASTQ | BAM | Multiple FASTQ eller BAM