Microsoft Genomiks: Sık sorulan sorular

Bu makalede Microsoft Genomiks ile ilgili en çok sorgular listeledik. Microsoft Genomiks hizmeti hakkında daha fazla bilgi için bkz. Microsoft Genomiks nedir?. Sorun giderme hakkında daha fazla bilgi için Sorun Giderme Kılavuzumuza bakın.

Nasıl yaparım? Microsoft Genomiks'te GATK4 iş akışları çalıştırıyor musunuz?

Microsoft Genomiks hizmetinin config.txt dosyasında, için process_name gatk4 belirtin. Normal faturalama ücretlerini ödemeniz gerekir.

Nasıl yaparım? sıkıştırmayı etkinleştirdiniz mi?

Çıkış sıkıştırması için isteğe bağlı bir bağımsız değişken kullanarak vcf veya gvcf çıkışını sıkıştırabilirsiniz. Bu, vcf veya gvcf çıkışında çalıştırarak -bgzip -tabix .gz (bgzip çıktısı) ve .tbi (tabix çıktısı) dosyaları üretmeye eşdeğerdir. bgzip vcf veya gvcf dosyasını sıkıştırır tabix ve sıkıştırılmış dosya için bir dizin oluşturur. bağımsız değişkeni vcf çıkışı için varsayılan olarak, gcvf çıkışı için varsayılan olarak olarak ayarlanmış bir false true boole değeridir. Komut satırı üzerinde kullanmak için veya -bz --bgzip-output true (bgzip ve tabix komutunu çalıştırın) veya olarak false belirtin. Bu bağımsız değişkeni dosyada config.txt için dosyasına bgzip_output: true veya bgzip_output: false ekleyin.

Microsoft Genomiks için SLA nedir?

İş akışı API'si isteklerini almak için Microsoft Genomiks hizmetinin %99,9 oranında kullanılabilir olacağını garanti etmek için. Daha fazla bilgi için bkz. SLA.

Faturamda Microsoft Genomiks kullanımı nasıl ortaya çıktı?

Microsoft Genomiks, iş akışı başına işlenen gigabase sayısına göre faturalar. Daha fazla bilgi için bkz. Fiyatlandırma.

İstemci için tüm olası komutların ve bağımsız değişkenlerin listesini nerede `msgen` bulamıyorum?

çalıştırarak kullanılabilir komutların ve bağımsız değişkenlerin tam listesini msgen help eldeebilirsiniz. Başka bağımsız değişken sağlanamıyorsa, kullanılabilir yardım bölümlerinin listesini gösterir; her biri için bir tane submit list , , ve cancel status . Belirli bir komutla ilgili yardım almak için msgen help command yazın; örneğin, msgen help submit gönderme seçeneklerinin hepsini listeler.

İstemci için en sık kullanılan komutlar `msgen` hangileridir?

En yaygın kullanılan komutlar istemcinin bağımsız msgen değişkenleridir:

Komut Alan açıklaması
list Size gönderilen işlerin listesini döndürür. Bağımsız değişkenler için msgen help list bkz. .
submit Hizmete bir iş akışı isteği gönderme. Bağımsız değişkenler için msgen help submit bkz. .
status tarafından belirtilen iş akışının durumunu --workflow-id döndürür. Ayrıca msgen help status bkz. .
cancel tarafından belirtilen iş akışının işlemesini iptal etmek için bir istek --workflow-id gönderir. Ayrıca msgen help cancel bkz. .

için değeri nereden alırm? `--api-url-base`

Genomiks Azure portal sayfasına gidin ve açın. Yönetim başlığı altında Erişim anahtarları'ı seçin. Burada hem API URL'sini hem de erişim anahtarlarınızı bulabilirsiniz.

için değeri nereden alırm? `--access-key`

Genomiks Azure portal sayfasına gidin ve açın. Yönetim başlığı altında Erişim anahtarları'ı seçin. Burada hem API URL'sini hem de erişim anahtarlarınızı bulabilirsiniz.

Neden iki erişim anahtarına ihtiyacım var?

Hizmet kullanımını kesintiye uğratmadan güncelleştirmek (yeniden oluşturma) durumunda iki erişim anahtarına ihtiyacınız vardır. Örneğin, ilk anahtarı güncelleştirmek için tüm yeni iş akışlarını ikinci anahtarı kullantırabilirsiniz. Ardından, ilk anahtarı güncelleştirmeden önce ilk anahtarı kullanan tüm iş akışlarını bekleyin.

Depolama hesabı anahtarlarımı kaydeder misiniz?

Depolama hesabı anahtarınız, giriş dosyalarınızı okumak ve çıkış dosyalarını yazmak için Microsoft Genomiks hizmeti için kısa süreli erişim belirteçleri oluşturmak için kullanılır. Varsayılan belirteç süresi 48 saattir. Belirteci gönderme komutu -sas/--sas-duration seçeneğiyle değiştirilebilir; değer saat olarak değişir.

Microsoft Genomiks müşteri verilerini depolar mı?

Hayır. Microsoft Genomiks hiçbir müşteri verisi depolamaz.

Hangi genom başvurularını kullanabilirim?

Bu başvurular de destekler:

Başvuru Değeri: -pa/--process-args
b37 R=b37m1
hg38 R=hg38m1
hg38 (alternatif analiz yok) R=hg38m1x
hg19 R=hg19m1

Nasıl yaparım? komut satırı bağımsız değişkenlerimi yapılandırma dosyası olarak mı biçimlendirebilirsiniz?

msgen yapılandırma dosyalarını aşağıdaki biçimde anlar:

  • Tüm seçenekler, anahtarlardan iki nokta üst üste ile ayrılmış değerlerle anahtar-değer çiftleri olarak sağlanır. Boşluk yoksayılır.

  • ile başlayan # satırlar yoksayılır.

  • Uzun biçimdeki herhangi bir komut satırı bağımsız değişkeni, başındaki tireleri silen ve sözcükler arasındaki tireleri alt çizgilerle değiştirerek bir anahtara dönüştürebilirsiniz. Bazı dönüştürme örnekleri aşağıda verilmiştir:

    Komut satırı bağımsız değişkeni Yapılandırma dosya satırı
    -u/--api-url-base https://url api_url_base:https://url
    -k/--access-key KEY access_key:KEY
    -pa/--process-args R=B37m1 process_args:R-b37m1

Sonraki adımlar

Microsoft Genomiks'i kullanmaya başlamanız için aşağıdaki kaynakları kullanın: