تحرير

Share via

Microsoft Genomics: الأسئلة الشائعة

  • الأسئلة المتداولة

تسرد هذه المقالة أهم الاستعلامات التي قد تكون مرتبطة بـ Microsoft Genomics. لمزيد من المعلومات حول خدمة Microsoft Genomics، راجع ما هو Microsoft Genomics؟ . لمزيد من المعلومات حول استكشاف الأخطاء وإصلاحها، راجع دليل استكشاف الأخطاء وإصلاحها.

كيف أعمل تشغيل مهام سير عمل GATK4 على Microsoft Genomics؟

في ملف config.txt لخدمة Microsoft Genomics، حدد process_name إلى gatk4. لاحظ أنه ستتم محاسبتك بأسعار الفواتير العادية.

كيف أقوم بتمكين ضغط الإخراج؟

يمكنك ضغط الإخراج vcf أو الإخراج gvcf باستخدام وسيطة اختيارية لضغط الإخراج. وهذا يعادل تشغيل -bgzip متبوعا بـ -tabix على إخراج vcf أو gvcf، لإنتاج .gz ملفات (إخراج bgzip) و .tbi (إخراج tabix). bgzip يضغط ملف vcf أو gvcf، tabix وينشئ فهرسًا للملف المضغوط. الوسيطة هي منطقية، يتم تعيينها افتراضيًا إلى false لإخراج vcf، وإلى true افتراضيا لإخراج gcvf. للاستخدام في سطر الأوامر، حدد ⁧-bz⁩ أو ⁧--bgzip-output⁩ كـ⁧true⁩ (تشغيل bgzip وtabix) أو ⁧false⁩. لاستخدام هذه الوسيطة في ملف ⁧⁩config.txt⁧⁩، أضف ⁧bgzip_output: true⁩ أو ⁧bgzip_output: false⁩ إلى الملف.

ما هي اتفاقية مستوى الخدمة لـ Microsoft Genomics؟

نحن نضمن أن 99.9٪ من الوقت ستكون خدمة Microsoft Genomics متاحة لتلقي طلبات واجهة برمجة تطبيقات سير العمل. لمزيد من المعلومات، راجع SLA.

كيف يظهر استخدام Microsoft Genomics على الفاتورة الخاصة بي؟

فواتير Microsoft Genomics استنادا إلى عدد الجيجابايت التي تمت معالجتها لكل سير عمل. لمزيد من المعلومات، راجع التسعير.

أين يمكنني العثور على قائمة بجميع الأوامر والوسيطات الممكنة للعميل "msgen"؟

يمكنك الحصول على قائمة كاملة بالأوامر والوسيطات المتوفرة عن طريق تشغيل msgen help. إذا لم يتم توفير أي وسيطات أخرى، فإنه يعرض قائمة بأقسام التعليمات المتوفرة، واحدة لكل من submitو listوcancelو.status للحصول على تعليمات لأمر معين، اكتب msgen help command؛ على سبيل المثال، msgen help submit يسرد جميع خيارات الإرسال.

ما هي الأوامر الأكثر استخداما لعميل "msgen"؟

الأوامر الأكثر استخداما هي وسيطات العميل msgen بما في ذلك:

⁧⁩الأمر⁧⁩ وصف الحقل
list إرجاع قائمة بالوظائف التي قمت بإرسالها. للحصول على الوسيطات، راجع msgen help list.
submit إرسال طلب سير عمل إلى الخدمة. للحصول على الوسيطات، راجع msgen help submit.
status إرجاع حالة سير العمل المحددة بواسطة.--workflow-id راجع أيضاً msgen help status.
cancel يرسل طلبا لإلغاء معالجة سير العمل المحدد بواسطة --workflow-id. راجع أيضاً msgen help cancel.

أين يمكنني الحصول على قيمة '--api-url-base'؟

انتقل إلى مدخل Microsoft Azure وافتح صفحة حساب Genomics. ضمن عنوان Management اختر Access keys. هناك، بإمكانك العثور على كل من عنوان URL لواجهة برمجة التطبيقات ومفاتيح الوصول الخاصة بك.

أين أحصل على قيمة '--access-key'؟

انتقل إلى مدخل Microsoft Azure وافتح صفحة حساب Genomics. ضمن عنوان Management اختر Access keys. هناك، بإمكانك العثور على كل من عنوان URL لواجهة برمجة التطبيقات ومفاتيح الوصول الخاصة بك.

لماذا أحتاج إلى مفتاحي وصول؟

تحتاج إلى مفتاحي وصول في حالة رغبتك في تحديثهما (إعادة إنشائها) دون مقاطعة استخدام الخدمة. على سبيل المثال، إذا كنت تريد تحديث المفتاح الأول، فيجب أن يكون لديك جميع مهام سير العمل الجديدة التي تستخدم المفتاح الثاني. بعد ذلك، انتظر حتى تنتهي جميع مهام سير العمل التي تستخدم المفتاح الأول قبل تحديث المفتاح الأول.

هل تحفظ مفاتيح حساب التخزين الخاص بي؟

يتم استخدام مفتاح حساب التخزين الخاص بك لإنشاء رموز مميزة للوصول قصيرة الأجل لخدمة Microsoft Genomics لقراءة ملفات الإدخال وكتابة ملفات الإخراج. مدة الرمز المميز الافتراضي هي 48 ساعة. يمكن تغيير مدة الرمز المميز مع الخيار -sas/--sas-duration الخاص بأمر الإرسال؛ القيمة بالساعات.

هل تقوم Microsoft Genomics بتخزين بيانات العملاء؟

كلا. لا تقوم Microsoft Genomics بتخزين أي بيانات العملاء.

ما هي مراجع الجينوم التي يمكنني استخدامها؟

هذه المراجع مدعومة:

‏‏المرجع قيمة -pa/--process-args
b37 R=b37m1
hg38 R=hg38m1
hg38 (لا يوجد تحليل بديل) R=hg38m1x
hg19 R=hg19m1

كيف أعمل تنسيق وسيطات سطر الأوامر كملف تكوين؟

يفهم msgen ملفات التكوين بالتنسيق التالي:

  • يتم توفير جميع الخيارات كأزواج قيم المفاتيح مع قيم مفصولة عن المفاتيح بواسطة علامة النقطتين. يتم تجاهل المسافة البيضاء.

  • يتم تجاهل الخطوط التي تبدأ بـ #.

  • يمكن تحويل أي وسيطة سطر أوامر بالتنسيق الطويل إلى مفتاح عن طريق تجريد الشرطات البادئة واستبدال الشرطات بين الكلمات مع تسطير أسفل السطر. فيما يلي بعض أمثلة التحويل:

    وسائط سطر الأوامر خط ملف التكوين
    -u/--api-url-base https://url api_url_base:https://url
    -k/--access-key KEY access_key:KEY
    -pa/--process-args R=B37m1 process_args:R-b37m1

الخطوات التالية

استخدم الموارد التالية لبدء استخدام Microsoft Genomics: