إرسال سير عمل باستخدام إدخال ملف BAM

توضح هذه المقالة كيفية إرسال سير عمل إلى خدمة Microsoft Genomics إذا كان ملف الإدخال هو ملف BAM واحد. يفترض هذا الموضوع أنك قمت بالفعل بتثبيت وتشغيل عميل msgen وأنك على دراية بكيفية استخدام Azure Storage. إذا أرسلت سير العمل بنجاح باستخدام بيانات العينة المقدمة، فأنت مستعد للمضي قدمًا في هذه المقالة.

الإعداد: قم بتحميل ملف BAM الخاص بك إلى تخزين Azure

ملف BAM واحد، reads.bam، وقمت بتحميله إلى حساب myaccount في Azure كـ https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads.bam. لديك واجهة برمجة التطبيقات ومفتاح الوصول الخاص بك. تريد أن يكون لديك مخرجات في https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

أرسل عملك إلى عميل msgen

هذا هو الحد الأدنى من مجموعة الوسيطات التي ستحتاج إلى توفيرها لعميل msgen؛ تمت إضافة فواصل الأسطر للتوضيح:

للنافذة:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

بالنسبة إلى Unix

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

إذا كنت تفضل استخدام ملف التكوين، فإليك ما سيحتويه:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

أرسل الملف config.txt مع هذا الاحتجاج: msgen submit -f config.txt

الخطوات التالية

في هذه المقالة، قمت بتحميل ملف BAM في Azure Storage وأرسلت سير عمل إلى خدمة Microsoft Genomics من خلال عميل Python msgen. للحصول على معلومات إضافية بخصوص إرسال سير العمل والأوامر الأخرى التي يمكنك استخدامها مع خدمة Microsoft Genomics، راجع الأسئلة الشائعة.