Отправка рабочего процесса с помощью входного BAM-файлаSubmit a workflow using a BAM file input

В этой статье показано, как отправить рабочий процесс в службу Microsoft Genomics, если входной файл является одним BAM-файлом.This article demonstrates how to submit a workflow to the Microsoft Genomics service if your input file is a single BAM file. В этом разделе предполагается, что вы уже установили и запустили клиент msgen и знаете, как использовать службу хранилища Azure.This topic assumes you have already installed and run the msgen client, and are familiar with how to use Azure Storage. Если вы успешно отправили рабочий процесс с помощью предоставленных образцов данных, вы готовы перейти к этой статье.If you have successfully submitted a workflow using the provided sample data, you are ready to proceed with this article.

Настройка. Отправка BAM-файла в хранилище AzureSet up: Upload your BAM file to Azure storage

Предположим, что у вас есть один BAM-файл, reads.bam, и вы отправили его в свою учетную запись хранения myaccount в Azure как https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads.bam .Let’s assume you have a single BAM file, reads.bam, and you have uploaded it to your storage account myaccount in Azure as https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads.bam. У вас есть URL-адрес API и ключ доступа.You have the API URL and your access key. Вы хотите разместить выходные данные на странице https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs .You want to have outputs in https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Отправка задания в клиент msgenSubmit your job to the msgen client

Минимальный набор аргументов, которые потребуется предоставить клиенту msgen (для наглядности добавлены разрывы строк):Here is the minimal set of arguments that you will need to provide to the msgen client; line breaks are added for clarity:

Для Windows:For Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

Для Unix:For Unix

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Если вы предпочитаете использовать файл конфигурации, он должен содержать следующие строки:If you prefer using a configuration file, here is what it would contain:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Отправьте файл config.txt с помощью этого вызова: msgen submit -f config.txtSubmit the config.txt file with this invocation: msgen submit -f config.txt

Дальнейшие действияNext steps

С помощью этой статьи вы научились отправлять BAM-файлы в службу хранилища Azure и освоили отправку рабочего процесса в службу Microsoft Genomics через клиент Python msgen.In this article, you uploaded a BAM file into Azure Storage and submitted a workflow to the Microsoft Genomics service through the msgen python client. Дополнительные сведения об отправке рабочего процесса и других командах, которые можно использовать в службе Microsoft Genomics, см. в разделе часто задаваемых вопросов.For additional information regarding workflow submission and other commands you can use with the Microsoft Genomics service, see our FAQ.