Microsoft Genomics: Часто задаваемые вопросыMicrosoft Genomics: Common questions

В этой статье перечислены самые популярные вопросы, связанные с Microsoft Genomics.This article lists the top queries you might have related to Microsoft Genomics. Дополнительные сведения о службе Microsoft Genomics см. в этой статье.For more information on the Microsoft Genomics service, see What is Microsoft Genomics?. Дополнительные сведения об устранении неполадок см. в этом руководстве.For more information about troubleshooting, see our Troubleshooting Guide.

Разделы справки запускать рабочие процессы GATK4 в Microsoft Genomics?How do I run GATK4 workflows on Microsoft Genomics?

В файле config. txt Microsoft Genomics службы укажите для PROCESS_NAME значение gatk4.In the Microsoft Genomics service's config.txt file, specify the process_name to gatk4. Обратите внимание, что плата взимается по обычным тарифам.Note that you will be billed at regular billing rates.

Что такое Соглашение об уровне обслуживания для Microsoft Genomics?What is the SLA for Microsoft Genomics?

Мы гарантируем, что по крайней мере 99,9 % времени служба Microsoft Genomics будет доступна для получения API-запросов рабочего процесса.We guarantee that 99.9% of the time Microsoft Genomics service will be available to receive workflow API requests. См. дополнительные сведения о Соглашении об уровне обслуживания.For more information, see SLA.

Как плата за использование Microsoft Genomics отражается в счете?How does the usage of Microsoft Genomics show up on my bill?

Плата за использование Microsoft Genomics зависит от количества гигабаз, обработанных за один рабочий процесс.Microsoft Genomics bills based on the number of gigabases processed per workflow. Дополнительные сведения см. на странице цен.For more information, see Pricing.

Где можно найти список всех возможных команд и аргументов для клиента msgen?Where can I find a list of all possible commands and arguments for the msgen client?

Полный список доступных команд и аргументов можно получить, выполнив команду msgen help.You can get a full list of available commands and arguments by running msgen help. Если дополнительные аргументы не указаны, отобразится список доступных разделов со справочными сведениями, по одному для каждой из команд submit, list, cancel и status.If no further arguments are provided, it shows a list of available help sections, one for each of submit, list, cancel, and status. Чтобы получить справочные сведения по определенной команде, введите msgen help command. Например, команда msgen help submit выведет список всех параметров отправки.To get help for a specific command, type msgen help command; for example, msgen help submit lists all of the submit options.

Какие команды используются чаще всего для клиента msgen?What are the most commonly used commands for the msgen client?

Самые часто используемые команды для клиента msgen представляют собой аргументы, указанные ниже:The most commonly used commands are arguments for the msgen client include:

КомандаCommand Описание поляField description
list Возвращает список отправленных заданий.Returns a list of jobs you have submitted. Чтобы запросить аргументы, выполните команду msgen help list.For arguments, see msgen help list.
submit Отправляет запрос рабочего процесса к службе.Submits a workflow request to the service. Чтобы запросить аргументы, выполните команду msgen help submit.For arguments, see msgen help submit.
status Возвращает состояние рабочего процесса, указанного в --workflow-id.Returns the status of the workflow specified by --workflow-id. Ознакомьтесь с командой msgen help status.See also msgen help status.
cancel Отправляет запрос на отмену обработки рабочего процесса, указанного в --workflow-id.Sends a request to cancel processing of the workflow specified by --workflow-id. Ознакомьтесь с командой msgen help cancel.See also msgen help cancel.

Где можно получить значение для --api-url-base?Where do I get the value for --api-url-base?

Перейдите на портал Azure и откройте страницу учетной записи Genomics.Go to Azure portal and open your Genomics account page. В разделе управления выберите Ключи доступа.Under the Management heading, choose Access keys. Вы получите URL-адрес API и ключи доступа.There, you find both the API URL and your access keys.

Где можно получить значение для --access-key?Where do I get the value for --access-key?

Перейдите на портал Azure и откройте страницу учетной записи Genomics.Go to Azure portal and open your Genomics account page. В разделе управления выберите Ключи доступа.Under the Management heading, choose Access keys. Вы получите URL-адрес API и ключи доступа.There, you find both the API URL and your access keys.

Зачем нужны два ключа доступа?Why do I need two access keys?

Два ключа доступа требуются, если их нужно обновить (повторно создать) без прерывания использования службы.You need two access keys in case you want to update (regenerate) them without interrupting usage of the service. Например, если вы хотите обновить первый ключ, все новые рабочие процессы должны использовать второй ключ.For example, if you want to update the first key, you should have all new workflows use the second key. Поэтому дождитесь завершения всех рабочих процессов, использующих первый ключ, прежде чем обновлять первый ключ.Then, wait for all the workflows using the first key to finish before updating the first key.

Сохраняются ли мои ключи учетной записи хранения?Do you save my storage account keys?

Ключ учетной записи хранения используется для создания краткосрочных маркеров доступа службы Microsoft Genomics, считывания входных и записи выходных файлов.Your storage account key is used to create short-term access tokens for the Microsoft Genomics service to read your input files and write the output files. По умолчанию время существования маркера составляет 48 часов.The default token duration is 48 hours. Его можно изменить с помощью параметра -sas/--sas-duration команды отправки, указав количество часов как значение.The token duration can be changed with the -sas/--sas-duration option of the submit command; the value is in hours.

Какие референсные геномы можно использовать?What genome references can I use?

Поддерживаются следующие референсные геномы:These references are supported:

СсылкаReference Значение -pa/--process-argsValue of -pa/--process-args
b37b37 R=b37m1
hg38hg38 R=hg38m1
hg38 (без альтернативного анализа)hg38 (no alt analysis) R=hg38m1x
hg19hg19 R=hg19m1

Как форматировать аргументы командной строки в качестве файла конфигурации?How do I format my command-line arguments as a config file?

msgen распознает файлы конфигурации в следующем формате:msgen understands configuration files in the following format:

  • Все параметры предоставляются как пары "ключ-значение" (через двоеточие).All options are provided as key-value pairs with values separated from keys by a colon. Пробелы игнорируются.Whitespace is ignored.

  • Строки, начинающиеся с #, игнорируются.Lines starting with # are ignored.

  • Любой аргумент командной строки в полном формате можно преобразовать в ключ, удалив начальные тире и заменив тире между словами на символы подчеркивания.Any command-line argument in the long format can be converted to a key by stripping its leading dashes and replacing dashes between words with underscores. Ниже приведены некоторые примеры преобразований.Here are some conversion examples:

    Аргумент командной строкиCommand-line argument Строка в файле конфигурацииConfiguration file line
    -u/--api-url-base https://url api_url_base: https://urlapi_url_base:https://url
    -k/--access-key KEY access_key:KEYaccess_key:KEY
    -pa/--process-args R=B37m1 process_args:R-b37m1process_args:R-b37m1

Следующие шагиNext steps

Используйте следующие ресурсы, чтобы приступить к работе с Microsoft Genomics:Use the following resources to get started with Microsoft Genomics: