Руководство по устранению неполадок
Здесь приведены стратегии по устранению распространенных неполадок при использовании службы Microsoft Genomics, MSGEN.
Ответы на общие часто задаваемые вопросы о Microsoft Genomics см. в статье Microsoft Genomics: часто задаваемые вопросы.
Шаг 1. Поиск кодов ошибок, связанных с рабочим процессом
Вы можете найти сообщения об ошибках, связанные с рабочим процессом:
- Использовав командную строку и введя
msgen status - Проверив содержимое standardoutput.txt.
1. С помощью командной строки msgen status
msgen status -u URL -k KEY -w ID
Существуют три обязательных аргумента:
URL — базовый универсальный код ресурса (URI) для API.
KEY — ключ доступа к учетной записи Genomics
- Чтобы получить аргументы URL и KEY, перейдите на портал Azure и откройте страницу учетной записи Microsoft Genomics. В разделе управления выберите Ключи доступа. Вы получите URL-адрес API и ключи доступа.
ID — идентификатор рабочего процесса.
Чтобы найти идентификатор типа рабочего процесса в команде
msgen list. При условии, что файл конфигурации содержит URL-адрес и ключи доступа, а также находится в одном расположении с msgen exe-файл, команда будет выглядеть следующим образом:msgen list -f "config.txt"Выходные данные этой команды будут выглядеть следующим образом:
Microsoft Genomics command-line client v0.7.4 Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved. Workflow List ------------- Total Count : 1 Workflow ID : 10001 Status : Completed successfully Message : Process : snapgatk-20180730_1 Description : Created Date : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT End Date : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT Wall Clock Time : 0h 27m 48s Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)
Примечание
Кроме того, можно указать путь к файлу конфигурации вместо того, чтобы вводить URL-адрес и ключ. Если указать эти аргументы в командной строке и использовать файл конфигурации, то аргументы командной строки будут иметь приоритет.
Если идентификатор рабочего процесса 1001 и файл config.txt помещены в тот же путь, что и исполняемый файл msgen, то команда будет выглядеть следующим образом:
msgen status -w 1001 -f "config.txt"
2. По содержимому файла standardoutput.txt
Найдите контейнер выходных данных для необходимого рабочего процесса. MSGEN создает папку [workflowfilename].logs.zip после каждого выполнения рабочего процесса. Распакуйте папку, чтобы просмотреть ее содержимое:
- outputFileList.txt — список выходных файлов, созданных во время выполнения рабочего процесса.
- standardError.txt — этот файл пуст.
- standardoutput.txt — регистрирует все сообщения верхнего уровня о состоянии, включая ошибки, возникшие во время выполнения рабочего процесса.
- Файлы журнала GATK — все файлы в папке
logs.
Чтобы устранить неполадки, просмотрите содержимое standardoutput.txt и отметьте все сообщения об ошибках, которые отображаются.
Шаг 2. Выполните рекомендуемые действия для распространенных ошибок
В этом разделе кратко описаны распространенные ошибки службы Microsoft Genomics (msgen) и стратегии, которые можно использовать для их устранения.
Служба Microsoft Genomics (msgen) может выдавать такие два типа ошибок:
- Внутренние ошибки службы: ошибки, которые являются внутренними для службы и которые нельзя разрешить исправлением параметров или входных файлов. Иногда повторный запуск рабочего процесса может исправить эти ошибки.
- Ошибки ввода: ошибки, которые можно устранить, используя правильные аргументы или исправив формат файлов.
1. Внутренние ошибки службы
Пользователь не может устранять внутренние ошибки службы. Вы можете повторно запустить рабочий процесс, но если это не поможет, обратитесь в службу поддержки Microsoft Genomics
| Сообщение об ошибке | Рекомендуемые шаги по устранению неполадок |
|---|---|
| Внутренняя ошибка. Попробуйте повторно запустить рабочий процесс. Если эта ошибка появится снова, то обратитесь за помощью в службу поддержки Microsoft Genomics | Повторно запустите рабочий процесс. Обратитесь за помощью в службу поддержки Microsoft Genomics, если проблема возникнет повторно, создав запрос в службу поддержки. |
2. Ошибки ввода данных
Пользователь может устранять такой тип ошибок. В зависимости от типа файла и кода ошибки служба Microsoft Genomics выводит коды различных ошибок. Выполните следующие рекомендуемые действия по устранению неполадок.
| Тип файла | Код ошибки | Сообщение об ошибке | Рекомендуемые шаги по устранению неполадок |
|---|---|---|---|
| Любой | 701 | Чтение [readId] имеет [numberOfBases] баз, но максимальное значение равно [maxReadLength] | Наиболее распространенной причиной этой ошибки является повреждение файла, что приводит к объединению двух операций чтения. Проверьте свои входные файлы. |
| BAM | 200 | Не удалось прочитать файл "[yourFileName]". | Проверьте формат файла BAM. Еще раз отправьте рабочий процесс с файлом, у которого правильное форматирование. |
| BAM | 201 | Не удалось прочитать файл BAM [File_name]. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| BAM | 202 | Не удалось прочитать файл BAM [File_name]. Файл слишком мал, а заголовок отсутствует. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| BAM | 203 | Не удалось прочитать файл BAM [File_name]. Заголовок файла поврежден. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| BAM | 204 | Не удалось прочитать файл BAM [File_name]. Заголовок файла поврежден. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| BAM | 205 | Не удалось прочитать файл BAM [File_name]. Заголовок файла поврежден. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| BAM | 206 | Не удалось прочитать файл BAM [File_name]. Заголовок файла поврежден. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| BAM | 207 | Не удалось прочитать файл BAM [File_name]. Файл усечен близко смещения [offset]. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| BAM | 208 | Недопустимый файл BAM. В файле [File_name] нет последовательности ReadID [Read_Id]. | Проверьте формат файла BAM. Запустите рабочий процесс с помощью файла правильного формата. |
| Файл FASTQ | 300 | Не удалось прочитать файл FASTQ. [File_name] не заканчивается новой строкой. | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 301 | Не удалось прочитать файл FASTQ [File_name]. Запись FASTQ больше, чем размер буфера по смещению: [_offset] | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 302 | Синтаксическая ошибка файла FASTQ. Файл [File_name] содержит пустую строку. | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 303 | Синтаксическая ошибка файла FASTQ. Файл [File_name] содержит недопустимый начальный символ по смещению: [_offset], типу строки: [line_type], символу: [_char] | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 304 | Синтаксическая ошибка файла FASTQ Syntax в readID [_ReadID]. Первое чтение пакета не имеет readID, что заканчивается на /1 в файле [File_name] | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 305 | Синтаксическая ошибка файла FASTQ Syntax в readID [_ReadID]. Второе чтение пакета не имеет readID, что заканчивается на /2 в файле [File_name] | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 306 | Синтаксическая ошибка файла FASTQ Syntax в readID [_ReadID]. Первое чтение пары не имеет идентификатора, который заканчивается на /1 в файле [File_name] | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 307 | Синтаксическая ошибка файла FASTQ Syntax в readID [_ReadID]. ReadID не заканчивается на /1 или /2. Файл [File_name] нельзя использовать как парный файл FASTQ. | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
| Файл FASTQ | 308 | Ошибка чтения файла FASTQ. Ответы операций чтения с обеих сторон разные. Вы выбрали правильные файлы FASTQ? | Исправьте формат файла FASTQ и повторно запустите рабочий процесс. |
Шаг 3. Обращение в службу поддержки Microsoft Genomics
Если у вас по-прежнему возникают проблемы с заданием или у вас есть другие вопросы, обратитесь в службу поддержки Microsoft Genomics с портала Azure. Дополнительные сведения о том, как отправить запрос в службу поддержки, см. здесь.
Дальнейшие действия
В этой статье вы узнали, как устранять распространенные проблемы с помощью службы Microsoft Genomics. Дополнительные сведения и ответы на общие вопросы см. в статье Microsoft Genomics: часто задаваемые вопросы.