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FHIR 服务中的 $convert-data

项目
05/23/2024

注意

2024 年 5 月，我们发布了与 FHIR 服务分离的独立 FHIR 转换器 API，并将其打包为容器 (Docker) 映像以供预览。除了使你能够将数据从记录源转换为 FHIR R4 捆绑包之外，FHIR 转换器还提供许多净新功能，例如：

从记录源到 FHIR R4 捆绑包的双向数据转换。例如，FHIR 转换器可以将数据从 FHIR R4 格式转换回 HL7v2 格式。
改进了自定义默认 Liquid 模板的体验。
演示如何使用 Azure 数据工厂 (ADF) 创建 ETL（提取、转换、加载）管道的示例。

若要实现 FHIR 转换器容器映像，请参阅 FHIR 转换器 GitHub 项目。

使用 FHIR® 服务中的 $convert-data 操作可将运行状况数据从各种格式转换为 FHIR R4 数据。 $convert-data 操作使用 FHIR 转换器项目中的 Liquid 模板进行 FHIR 数据转换。可根据需要自定义这些转换模板。

$convert-data 操作支持四种类型的数据转换：

HL7v2 转 FHIR R4
C-CDA 转 FHIR R4
JSON 转 FHIR R4（适用于自定义转换映射）
FHIR STU3 转 FHIR R4

使用 $convert-data 终结点

将 $convert-data 终结点用作 ETL（提取、转换和加载）管道中的组件，以将运行状况数据从各种格式（例如：HL7v2、CCDA、JSON 和 FHIR STU3）转换为 FHIR 格式。在转换运行状况数据时，为完整的工作流创建 ETL 管道。建议使用基于 Azure 逻辑应用或 Azure 数据工厂的 ETL 引擎。例如，工作流可能包括数据引入、执行 $convert-data 操作、验证、数据预处理和后期处理、数据扩充、重复数据删除以及加载数据以在 FHIR 服务中暂留。

$convert-data 操作集成到 FHIR 服务中作为 REST API 操作。可以按如下所示调用 $convert-data 终结点：

POST {{fhirurl}}/$convert-data

转换的运行状况数据将传送到 $convert-data 请求正文中的 FHIR 服务。如果请求成功，FHIR 服务将返回 FHIR 捆绑包响应，并将数据转换为 FHIR R4。

参数

$convert-data 操作调用会打包运行状况数据，以便在请求正文中 JSON 格式化的参数内进行转换。下表介绍了这些参数：

参数名称	说明	接受的值
inputData	要转换为 FHIR 的数据有效负载。	对于 `Hl7v2`：字符串对于 `Ccda`：XML 对于 `Json`：JSON 对于 `FHIR STU3`：JSON
inputDataType	数据输入的类型。	`Hl7v2`、`Ccda`、`Json`、`Fhir`
templateCollectionReference	对 Azure 容器注册表中的 OCI 映像模板集合的引用。引用的是包含要用于转换的 Liquid 模板的映像。它可以引用默认模板或 FHIR 服务中注册的自定义模板映像。以下部分介绍如何自定义模板、在 Azure 容器注册表上托管模板以及注册到 FHIR 服务。	对于默认/示例模板： HL7v2 模板： `microsofthealth/fhirconverter:default` `microsofthealth/hl7v2templates:default` C-CDA 模板： `microsofthealth/ccdatemplates:default` JSON 模板： `microsofthealth/jsontemplates:default` FHIR STU3 模板： `microsofthealth/stu3tor4templates:default` 对于自定义模板： `<RegistryServer>/<imageName>@<imageDigest>`、`<RegistryServer>/<imageName>:<imageTag>`
rootTemplate	转换数据时要使用的根模板。	对于 HL7v2： ADT_A01、ADT_A02、ADT_A03、ADT_A04、ADT_A05、ADT_A08、 ADT_A11、ADT_A13、ADT_A14、ADT_A15、ADT_A16、ADT_A25、ADT_A26、ADT_A27、ADT_A28、ADT_A29、ADT_A31、ADT_A47、ADT_A60、OML_O21、ORU_R01、ORM_O01、VXU_V04、SIU_S12、SIU_S13、SIU_S14、SIU_S15、SIU_S16、 SIU_S17、SIU_S26、MDM_T01、MDM_T02 对于 C-CDA： CCD、ConsultationNote、DischargeSummary、HistoryandPhysical、OperativeNote、ProcedureNote、ProgressNote、ReferralNote、TransferSummary 对于 JSON： ExamplePatient、Stu3ChargeItem 对于 FHIR STU3： FHIR STU3 资源名称（例如：患者、观察、组织）

注意事项

FHIR STU3 转 FHIR R4 模板是 Liquid 模板，该模板仅提供 FHIR R4 规范中 FHIR STU3 资源与其等效资源之间的字段差异映射。部分 FHIR STU3 资源已重命名或已从 FHIR R4 中删除。有关 FHIR STU3 转 FHIR R4 的资源差异和约束的详细信息，请参阅 FHIR STU3 转 FHIR R4 的资源差异和约束。
JSON 模板是用于生成自己的转换映射的示例模板。 它们不是遵循任何预定义运行状况数据消息类型的默认模板。与 HL7v2 或 C-CDA 不同，JSON 本身未指定为运行状况数据格式。因此，我们不是提供默认 JSON 模板，而是提供一些示例 JSON 模板作为你自己的自定义映射的起点。

警告

默认模板是在 MIT 许可证下发布的，不受 Microsoft 的支持。

仅提供默认模板来帮助你开始使用数据转换工作流。这些默认模板不适用于生产环境，在 Microsoft 发布 FHIR 服务的更新时可能会更改。若要在不同版本的 FHIR 服务中具有一致的数据转换行为，必须执行以下操作：

在 Azure 容器注册表实例中托管自己的模板副本。
将模板注册到 FHIR 服务。
在 API 调用中使用已注册的模板。
验证转换行为是否符合要求。

有关托管自己的模板的详细信息，请参阅托管自己的模板

示例请求

{
    "resourceType": "Parameters",
    "parameter": [
        {
            "name": "inputData",
            "valueString": "MSH|^~\\&|SIMHOSP|SFAC|RAPP|RFAC|20200508131015||ADT^A01|517|T|2.3|||AL||44|ASCII\nEVN|A01|20200508131015|||C005^Whittingham^Sylvia^^^Dr^^^DRNBR^D^^^ORGDR|\nPID|1|3735064194^^^SIMULATOR MRN^MRN|3735064194^^^SIMULATOR MRN^MRN~2021051528^^^NHSNBR^NHSNMBR||Kinmonth^Joanna^Chelsea^^Ms^^D||19870624000000|F|||89 Transaction House^Handmaiden Street^Wembley^^FV75 4GJ^GBR^HOME||020 3614 5541^PRN|||||||||C^White - Other^^^||||||||\nPD1|||FAMILY PRACTICE^^12345|\nPV1|1|I|OtherWard^MainRoom^Bed 183^Simulated Hospital^^BED^Main Building^4|28b|||C005^Whittingham^Sylvia^^^Dr^^^DRNBR^D^^^ORGDR|||CAR|||||||||16094728916771313876^^^^visitid||||||||||||||||||||||ARRIVED|||20200508131015||"
        },
        {
            "name": "inputDataType",
            "valueString": "Hl7v2"
        },
        {
            "name": "templateCollectionReference",
            "valueString": "microsofthealth/fhirconverter:default"
        },
        {
            "name": "rootTemplate",
            "valueString": "ADT_A01"
        }
    ]
}

示例响应

{
    "resourceType": "Bundle",
    "type": "batch",
    "entry": [
        {
            "fullUrl": "urn:uuid:9d697ec3-48c3-3e17-db6a-29a1765e22c6",
            "resource": {
                "resourceType": "Patient",
                "id": "9d697ec3-48c3-3e17-db6a-29a1765e22c6",
          ...
          ...
            },
            "request": {
                "method": "PUT",
                "url": "Location/50becdb5-ff56-56c6-40a1-6d554dca80f0"
            }
        }
    ]
}

FHIR 转换的结果是一个批次的 FHIR 捆绑包。